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学习单细胞转录组测序之前,先把这些包安装好

 SCI狂人团队 2020-11-13

单细胞转录组测序很热,想必很多人都想学习一下。因为大家都喜欢热点,热点好搞基金,更好发文章,这是科研圈的共识。既然这么热,我们就从安装R包开始。这些包还是挺多的,包安装不好,后面的分析就没有办法做了呀。这些包不是一般的多,网速不好的话可能好要几天才能安装成功。

install.packages("Seurat")install.packages("outliers")install.packages("pbmcapply")install.packages("doFuture")
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))    install.packages("BiocManager")BiocManager::install("singscore"),ask = F,update = F)BiocManager::install("GSVA"),ask = F,update = F)BiocManager::install("GSEABase"),ask = F,update = F)BiocManager::install("limma"),ask = F,update = F)BiocManager::install('scRNAseq'),ask = F,update = F)BiocManager::install('dbscan'),ask = F,update = F)BiocManager::install('M3Drop'),ask = F,update = F)
install.packages("devtools")library(devtools)devtools::install_github('dviraran/SingleR')

从安装过程来看还是有点困难的,当然也与你所在的网络有关,海外的网速应该会比较顺利一点。

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