最新铁死亡新思路来袭

whwywu 2020-12-07

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又到年底了，相信大家此刻大家都在回想这一年的成果？然后你们可能会发现一个惊人的相似性：大家都好像在家呆了小半年😂😂，课题进展如同龟速，只有在导师威逼利诱下才能静坐电脑前文思泉涌，仅仅是几分钟后就觉得自己仿佛已胸有成竹，掌控了整个世界，缺的仅仅只是开始而已。然而真的这么简单吗？

当然简单，只要你每天检索发表的生信文章，你会发现研究一个热点，发文规律总是有迹可循。你要做的只是把这个规律提前，比别人早一步就可以捷足先登了。小编归纳总结了肿瘤m6A预后分析的一般发文轨迹，希望对大家有所帮助。

近两年的m6A肿瘤预后分析分四大类，图文较多请耐心看哦，一定会对你有所助益！

一，最初版本：

最简单的m6A预后分析（直接基于预后相关m6A因子构建risk score）

eg：1、 npj precision oncology；IF:7.2；2019.5月

RNAMethyPro: a biologically conserved signature of N6-methyladenosine regulators for predicting survival at pan-cancer level

eg:2、bioscience reports; IF:2.9; 2019/12月

m6A RNA methylation regulators can contribute tomalignant progression and impact the prognosis of bladder cancer

大概步骤

step1:m6A 表达和相关性分析

step2:m6A risk score 构建

step3:m6A risk score外部数据集验证

二，升级版本：

m6A因子亚型预后分析（基于m6A因子亚型再构建risk score）

eg: 1、Front Oncol; IF:4.8; 2019.9月

m6A RNA Methylation Regulators Contribute to Malignant Progression and Have Clinical Prognostic Impact in Gastric Cancer

eg：2、Frontiers in Genetics；IF:3.2; 2020.4月

RNA N6-Methyladenosine-Related Gene Contribute to Clinical Prognostic Impact on Patients With Liver Cancer

主要思路

step1：m6A因子聚类分组

step2：m6A risk score 构建及验证

step3：列线图构建

三，加强版本：

m6Ascore 预后分析（不再是简单是lasso-cox模型）

eg: 1、Molecular Cancer; IF:15.3; 2020.5月

m6A regulator-mediated methylationmodification patterns and tumor microenvironment infiltration characterization in gastric cancer

主要思路

step1：m6A因子聚类分组（不止一次）

step2：m6A score构建

step3：m6A score结合临床特征及其它组学

四，衍生版本：

m6A相关性ncRNA（主角变成了与m6A因子有互相调控作用的marker）

eg: 1、Frontiers in Cell and Developmental Biology; IF:5.2; 2020.7月

N6-Methylandenosine-Related lncRNAs Are Potential Biomarkersfor Predicting the Overall Survival ofLower-Grade Glioma Patients

主要思路

step1:筛选m6A相关性marker

step2:构建风险预后模型

step3：结合临床特征分析效能

step4：功能分析及列线图

该思路也是近期m6A思路想了解更多可参考推文:

5+|m6AlncRNA预后分析

到这里近两年m6A的纯生信分析思路主要大概就是这几个了，不难看出一个热点出来后大致发文规律：最简单的lasso-cox回归模型—>分型lasso-cox回归模型—>复杂的得分模型—>最终再回归与热点相关的热点marker lasso-cox回归模型。

这样的规律不仅仅适用于m6A，最近小编浏览到很多免疫基因、自噬基因相关lncRNA、miRNA的预后模型纯生信文章。这些方向的发文轨迹也同样遵循这样的规律。所以，你可以做的是把将要发生的规律提前实现，第一个吃螃蟹！也许你会觉得没人这么做，没有参考是不是难发文？但是结果好、又有新意的paper审稿人怎么会卡呢。

接下来给大家分享一篇铁死亡因子分型的文章，铁死亡也是今年热点，基础篇已经推出过。今天的推文发表在杂志 frontiers in Oncology（IF：4.85）.反正小编是还没见过第二篇，心动的小伙伴可以行动啦！

之前推出的有关于铁死亡分析思路可到（生信人） W X 公众号查询

铁死亡分析基础篇：店长推荐|4+肿瘤铁死亡预后|公开数据纯生信

铁死亡分析升级篇：5+|纯生信多组学铁死亡score、一个铁死亡好思路的诞生（生信人已经提前把握了哦😁）

胶质瘤铁死亡signature的临床和生物学意义

图文欣赏