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对于土地增值税的清算收入如何确认，《土地增值税暂行条例》与《土地增值税暂行条例实施细则》的都有规定。 《土地增值税暂行条例》规定，“纳税人转让房地产所取得的收入，包括货币收入和其他收入。”《土地增值税暂行条例实施细则》规定，“收入包括转让房地产的全部价格及有关的经济收益。”这些虽然都是关于土地增值税收入的规定，但是都非常原则，在土地增值税清算工作中难以操作。 基于此，国家税务总局在2010年颁布了《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》国税函[2010]220号文件，对土地增值税如何清算作出了具体而明确的规定。 一是土地增值税清算时，已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入。 二是未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。 三是销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补退房款的，应在计算土地增值税时予以调整。 2016年营业税改增值税以后，因为增值税是价外税，与作为价内税的营业税不同，这也影响到了土地增值税清算收入的确认。 财政部 国家税务总局《关于营改增后契税 房产税 土地增值税 个人所得税计税依据问题的通知》财税[2016]43号规定，土地增值税纳税人转让房地产取得的收入为不含增值税收入。 国家税务总局公告2016年第70号公告《国家税务总局关于营改增后土地增值税若干征管规定》，又进一步明确了财税[2016 ]43号的内容 。 该公告规定，适用增值税一般计税方法的纳税人，其转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税销项税额。 适用简易计税方法的纳税人，其转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税应纳税额。
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