写在前面关于PCAWG在线数据库的介绍，之前我们介绍了ICGC和UCSC XENA这两个数据库。其中ICGC主要是可以用来分析突变在泛癌当中的结果。而UCSC XENA则是一个综合性的数据库，可以用来分析几乎所有的涉及到TCGA的数据。由于分析的内容比较多，所以也就导致操作会相对来说复杂很多。但假如我只是想看一个基因表达情况的话，那使用XENA就稍微有一些大材小用了。今天介绍的这个数据库就是专门用来查询基因表达情况的数据库。这个数据库就是：Expression Atlas (https://www./gxa/home)。 Expression atlas看数据库的名字就知道。这个数据库就是用来分析基因表达情况的。而其中PCAWG数据只是这个数据库的一部分。这里我们就先简单介绍一下数据库的时候，在进一步的说明PCAWG在这个数据库如何使用。 Expression atlas数据库，包含了65个物种在内的3900+的高通量测序的结果。我们需要做的就是(i)输入想要检索的一个或者一类基因; (ii)选择物种和想要查看的组织类型(可选)。即可获得相关的结果。 例如我们检索基因：TP53。结果主要是通过三个部分来进行展示的 1. 基因在正常组织当中表达情况首先我们看到的是关于这个基因表达的基本信息。结果是以一个器官图和一个热图(行是数据集，列是组织类型)来进行展示的。 其中在热图的结果展示当中，红色的是转录组的数据，绿色的是蛋白质组的数据。我们可以发现之前介绍的protein atlas的数据也在这里。所以有时候我们想要看基因蛋白的表达，可以尝试在这里看一下的。 如果我们想要查看某几个组织器官的结果的话，可以在Filter当中进行筛选。例如我们只关注胃肠的表达情况。 在基线表达上面，我们看到的这个基因在不同正常组织当中的表达。有时候我们是需要研究疾病的。所以就要看差异表达情况了。 2. 差异差异表达情况在差异表达情况当中，我们可以看到在纳入的数据集当中，相关基因预后差异表达的数据集都是哪些。同时可以可以看出数据集的具体研究分组以及差异表达趋势log2(fold change)。 3. 基因信息最后我们可以看到这个基因的基本信息。主要是包括这个基因在不同数据库当中的ID是什么。 PCAWG在expression atlas的查询以上是expression atlas的基本使用方法。如果只是想查询基因在PCAWG当中的表达情况的话，可以直接使用专门的链接进行查询。这个链接：https://www./gxa/experiments/E-MTAB-5200/Results 我们需要做的就是在Genes的地方输入想要检索的基因即可。这里可以输入多个基因。例如我们输入：AAAS ; FBN1 默认的表达表达情况是显示血液系统相关的数据。我们可以在Diseases当中进行筛选。例如我们可以查看胃当中相关的表达情况。 我们就可以看到在胃癌；胃癌旁正常以及正常组织当中的表达情况是什么样子的。 数据下载关于expression atlas的数据。不止是PCAWG的表达数据以及他们分析的其他的RNA-seq等数据。都是可以下载的。这其实也提供了另外一个下载公共二代表达数据的地方。所以如果以后在GEO里面看到哪个二代的数据，但是自己又分析不了。可以尝试的在这里寻找一下有没有表达数据结果。 |
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