写在前面: 之前在宏基因组公众号上推送:graphlan最美进化树学习笔记,这里我进行代码更新。 总的来说,虽然graphlan入手比ggtree难,但是配合R语言的注释过程,发现之后的工作似乎很简单,而且越是学习,越是自由,随便添加,随便改变,只是目前还无法移植到R中。但是已经有人在尝试了。本次完善graphlan的进化树可视化工作。书写笔记,帮助大家理解代码(代码会在同物种分类树一同更新,并上传github,尽请期待哦!或者添加小编微信进行交流,二维码见文末) 在这几天,我们整个学习室的男丁都到江苏省常熟市收获水稻,经常不干农活,所以大家都显得有些疲惫。本着无处不学习,无时不学习的原则,我在空余时间将graphlan的工作继续完善。 其实基于graphlan的完善,主要分为两个部分,第一个部分就是进化树,这也是本次我做的完善工作。第二部分就是物种分类树,就这一部分,刘永鑫老师的NBT给我很好的示范,这个也就是我完善物种树的参照。 本次工作完善内容: 代码更加优化,将参数统一设置在代码开头,并且无暗病。 1.annot1拆分为两个部分,为:annot1和annot0。分别为全局参数的三列参数设置和 占两列的参数设置。 2.对叶节点按照不同门类上色,包括注释代码改动。具体为:选取 otu表格中丰度最高 的10个tac并且上色,其他定义为other。同时这部分做图例注释很麻烦,所以制作代码一体化出来注释信息,并添加到annot1中。
这里将本次发现的问题统一做一个记录: 问题一:graphlan并没有提供很多树可视化的layout。我觉得出图比较丑。 问题二: 我实在不没有办法更好的将graphlan的注释和外圈环进行很好的结合,怎么弄才会又更好的结合呢? 问题三:环的元素单一。无法使用更多的元素。 问题五:这里修改环与树的大小及其相关关系的参数为annotation_background_separation-0.001 annotation_background_offset-0.2 这两个参数设置注释到环之外的结果。但是这两个参数运作方式任然不是很清晰。 这两个参数同时变大,会从巨大的环变为巨大的树。annotation_background_separation-0.001参数变大,则相应的环逐渐变小,或者annotation_background_offset-0.2 参数逐渐变大,环也逐渐变小。 annotation_background_separation-0.3 annotation_background_offset-0.001这两个参数如上设置得到注释在环内的结果 划重点clade_separation这个参数设置控制是否环均分大小,如果想要均分大小,则不设置这个参数即可。 设置进化树展示方式ignore_branch_len 参数进行进化树的有限的布局设置。 |
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