|
导语 RMBase v2.0是一个综合性数据库，用于整合转录组测序数据，以探索RNA的转录后修饰，以及它们与microRNA结合事件，疾病相关SNP和RNA结合蛋白（RBP）的关系。简单来说是一个RNA水平表观遗传修饰查询的数据库，m6A、m5C等都可以查询。该数据库由屈良鹄教授实验室构建，之前也介绍过其名下的另一个数据库: Starbase。  RMBaseRNA修饰类型统计 现在的RMBase v2.0扩展了13个物种的47个研究中的566个数据集和1 397 244个修饰位点，与以前的版本相比，扩展了约10倍。它包含1 373 000 N6-甲基腺苷（m 6 A），1 000 5-甲基胞嘧啶（m 5 C）修改，5 100 2'-O-甲基化（2'-O-Me）和100种其他类型的2 800修改。 RMBase http://rna./rmbase/  以下，从6个方面介绍RMBase： 01 m6A、m1A、m5C、Ψ、2′-O-Me、otherType 这几个模块都可以查询对应的m6A、m1A、m5C、Ψ、2′-O-Me、otherType修饰位点，接下来我们以m6A为例，进行操作。 在检索主页面中，无法直接按照位点进行检索，需要按照Group、 Species:、Assembly顺序选定物种分类、物种、参考基因组，点击Submit查询出对应修饰的位点。  检索结果中，可以在右上角输入关键词快速检索，也可以在下方对应每一栏条目，输入关键词进行检索。  结果可浏览N6-甲基腺苷（m 6 A）修饰位点，这些修饰位点基于我们对m 6 A-seq和MeRIP-Seq原始数据的重新分析，包括定位，峰调用和寻找共有RRACH基序。表格依次是染色体、修饰起始和终止位置、DNA±链、修饰类型、motif得分、支持位点的数据集目录、基因名字，点击Mod ID还可以看到详细信息、参考文献。  搜索特点： 1.以单个核苷酸或非常高的分辨率显示m 6 A位点。 2. M 6 A修饰位点分为以下基因类型：tRNA，rRNA，scRNA，scaRNA，snRNA，snoRNA，miRNA，lincRNA，misc_RNA，Mt-tRNA，Mt-rRNA，蛋白质编码基因，假基因等。 3 M 6 A修饰位点被分类为以下基因组区域：CDS，3'-UTR，5'-UTR，内含子，外显子和基因间区域。 4.用户还可以单击表格标题以根据各种特征（例如染色体，基因组位置，支持实验的数量，modId，基因名称或基因类型）对RNA修饰位点进行排序。 还可以看到如何使用该信息的tips：  这一内容在m1A、m5C、Ψ、2′-O-Me、otherType导航栏内展示的方法相似，这里不做过多展示。 02 modGene 被大众所吐槽的无法直接按照基因名进行检索，现在RMBase有了改变，这一版本里可以按基因搜索RNA修饰位点。  显示内容如下：  结果展示了23391个查询结果，左边是基因和基因对应的编号以及类型，右边是每个RNA上各种鉴定到的化学修饰数目，如m6A Num、m1A Num、m5C Num、2'-O-Me Num、PseudoU Num、Other Num、Total Num。和之前一样，我们可以在搜索框中输入关键字来过滤结果，还可以单击表格标题以根据各种RNA修饰的数量对基因进行排序。 点击蓝色数字，可以显示对应修饰位点的详细信息，如下，是RP5-1126H10.2的基本信息和RP5-1126H10.2的m6A修饰位点列表：  序列长41 nt，在修饰位点的5'和3'方向上又延伸了20 nt，modName列表示修改站点的原始名称，supportNum是每个修饰位点的支持实验或研究的数量。 03 modVar modVar可以用来查询SNP（生殖/种系变异，可遗传）和SNV（体细胞变异）相关的化学修饰。  在这里可以浏览疾病相关的SNV定位到修饰位点/区域，对于每个修饰位点，它们在5'和3'方向上额外延伸了10nt，100多种疾病的RNA修饰和单核苷酸变异（SNV）分析的研究可能与RNA修饰有关。  “ relPos”代表SNP基因座相对于修饰位点的偏移，“Source”行中的内容表示SNV和相关疾病的数据来源。 04 modMirTar modMirTar用于查询基因的miRNA结合位点处的化学修饰。 05 modRBP 这里用于RBP结合区域与RNA修饰位点区域的关联分析。RNA修饰可能影响RBP的功能或RBP可能催化RNA修饰。所有RBP区域信息均已从已发布的CLIP数据中处理。 Motif模块查询不同样本的RNA修饰测序结果的motitf分析结果的使用方法与此相同。 06 modTools 输入自己的bed文件，分析RNA修饰在转录本上的分布和修饰位点对应的基因注释。 最后Download模块可以下载该数据库已经分析好的所有的化学修饰位点。 综合来说，这个看似庞大，不仅提供m6A、、m1A、m5C、φ、2’-O-me、otherType的查询位点，还可以反过来，以基因为关键词，查询每个基因上鉴定到的化学修饰，或者查询SNP（生殖/种系变异，可遗传）和SNV（体细胞变异）相关的化学修饰、查询基因的miRNA结合位点处的化学修饰、RBP结合区域与RNA修饰位点区域的关联分析、不同样本的RNA修饰测序结果的motitf分析结果、分析RNA修饰在转录本上的分布和修饰位点对应的基因注释。 但实际使用起来还是比较简单的！RMBase的收录指标，包括物种、修饰类型、RNA种类，是目前所有RNA修饰数据库中最全面的了，目前使用起来虽然偶尔打不开（推荐使用Chrome浏览器），总体来说，是一个很值得深入挖掘的数据库。 References: RMBase v2.0: Deciphering the Map of RNA Modifications from Epitranscriptome Sequencing Data. Jia-Jia Xuan, Wen-Ju Sun, Ke-Ren Zhou, Shun Liu, Peng-Hui Lin, Ling-Ling Zheng, Liang-Hu Qu*, Jian-Hua Yang*. RMBase: a resource for decoding the landscape of RNA modifications from high-throughput sequencing data. Wen-Ju Sun, Jun-Hao Li, Shun Liu, Jie Wu, Liang-Hu Qu*, Jian-Hua Yang*. Nucleic Acids Res. 2016 Jan 4;44(D1):D259-65. Epub 2015 Oct 12. |
|
|
