【原】比公共数据集本身文章更早发表

我看到2020年10月发表在cancer cell杂志的文章《Senescence Reprogramming by TIMP1 Deficiency Promotes Prostate Cancer Metastasis》，链接是：https:///10.1016/j.ccell.2020.10.012 ，里面使用了一个公共数据集，来根据自己感兴趣的基因的状况，算是一个比较好的数据复用思路，值得推荐：

感兴趣基因的表达量条形图

图很简单，就是研究者自己感兴趣的基因是TIMP1，在39个前列腺癌病人里面的表达量差异情况。因为这些病人都取样不只是一个测序结果，可以看到如果是同一个病人的2个样品，通常呢这个TIMP1基因的上下调是一致的。而且绝大部分前列腺癌病人的肿瘤组织里面该基因的表达量都是下降的。

假如你的课题进展到后期了，也定位到了感兴趣的基因，如果是有意设计临床病人队列来看你感兴趣的基因的一些情况，不妨先搜索看看公共数据库，是不是有一些现成的资源，能省一点就是一点，毕竟咱科研经费可都是纳税人民的血汗钱啊！

不过，我发现了另外一个有意思的事情，就是他这个研究居然是比他所利用的公共数据集的文章更早发表。

在该文献里面查询关键词，可以定位到这样的描述：

 

是德国的  Prostate Cancer Systems Biology 研究，然后搜索该数据集链接，到达了2020年12月的文章，是：《Convergent network effects along the axis of gene expression during prostate cancer progression》，链接是：https://genomebiology./articles/10.1186/s13059-020-02188-9  39个前列腺癌患者的多位点取样后的多组学数据：

• https://www./ena/browser/view/PRJNA579899    转录组

• https://www./ena/browser/view/PRJNA577801  肿瘤外显子

发表时间确实是晚于2020年10月发表在cancer cell杂志的文章《Senescence Reprogramming by TIMP1 Deficiency Promotes Prostate Cancer Metastasis》

 

我认真检索了一下， 原来是他们在2020年6月丢在预印本提前公布自己的成果，那个时候也就已经上传并且共享了数据。

而且引用了他们数据集的文章发表在2020年11月，《Senescence Reprogramming by TIMP1 Deficiency Promotes Prostate Cancer Metastasis》

 

两个文章的作者名单里面都有 Peter J. Wild， 是  Dr. Senckenberg Institute of Pathology, University Hospital Frankfurt, Goethe-University Frankfurt, Frankfurt, Germany

原来如此