【原】然后，需要掌握一门文本处理语言

    不少朋友一上来就是要整linux，要运行软件跑程序，其实...我觉得生物信息学软件的使用，更大程度上不是系统原因，也不是到底有没有看懂软件manual，反而，最大的问题是，明明软件都有，数据也有，可是软件就是不识别你的数据格式。

    关于数据格式的问题，R语言各种包的使用其实最直观，统计学大牛们各有各的想法，封装了各种统计分析，统计绘图的函数，但是每个人又有自己定义的数据输入格式，鼓捣一个R包，我觉得基本上，满足了输入格式，必然就会出结果...有道德修养的包开发者，已经考虑了各种问题，但是考虑不到的是，你千变万化的输入数据格式。

    所以第一步，应该是学一门文本处理语言。

    生物信息上，文本处理语言的争论一般在，到底是perl 还是 python

    （R也有很强大的文本处理功能....但是多用的人太少，就不提出。）

    这是一直在讨论的问题，也没有一个结论。

    总结一下大群群管会的观点：

1. 如果课题组主要用什么，或者附近的人用什么，那么你就用什么，保持和集体的统一，有助于学习交流
   

2. 如果是自己鼓捣，比如我这种，我个人是觉得，两门语言都看看，然后选择有感觉的一门...比如我看到perl之后，发现perl非常有趣，和我各种思维非常契合...当然那个时候我其实没看过python

     大概说一下我个人的看法：

    每一门语言都有人用，都流行，必然都有他的意义。

    perl是一个语言学家发明的，这门语言本身就是要来处理小事情，与此同时，要做一件相对大的事情的时候，虽然稍显繁杂，但也能完成。

    python是程序员发明的，这门语言从一开始就从程序的维护出发，每一个特性都和perl类似，灌输了作者的思想，目标就是简洁明亮，逻辑清晰，一看就懂。就像我在火车上看了一会python书，回来就能码....（前提是我已经用了一段时间的perl了）

    作为一个perl的忠实用户，我个人觉得python是一门优秀，好用，方便维护的语言，但是语言的特性决定了语言的应用场景。

    简单的序列提取，表格提取，在perl上面，只需要写一个小命令，而python上，需要导入模块，定义函数。

    但是如果要让你画一个图，或者写一个GUI工具，这个时候，python有各种优秀模块和包，写写脚本打包打包就出来了，而perl实现这个确实有点自虐。

    好的，所以问题就在于，你到底想怎么去面对你的数据，或者你手上主要用到的场景是什么？是和我一样各种繁杂的小文本，还是要开发工具？

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    我个人现在基本情况是perl用来做文本处理，统计绘图用R，写稍微大的程序或者GUI用Java，绘图上一些部分也用Java，改别人的程序的时候用python，因为程序就是python的，一看就懂，不需要学。

最后，对于perl ，python 各推荐入门书籍一本

首先是Perl，小骆驼，不解释，足够你看了，我翻了很多遍，数不清了，反正非常有用实在

然后是python。。。我那次在火车上看的是python核心编程，然而这本书逻辑混乱，不认为好看，也不适合初学者，可能这就是为什么我对python没好感吧。。。

后面身边的朋友看了一本另外的书，我觉得也不错，是

    写了大半天...还说到几本结论...就是

   如果你附近都是perler，那么学perl，如果附近都是pyhoner，就学python

   如果你是'单身狗’，真的没想法，那么学perl或者python都可以，投个硬币

   如果你想用一门语言做很多很多事，那么你学python

   如果你就想学个做好文本处理的，那么就学perl，然后常见的其他任务，如统计绘图，用R，毕竟你几乎不可能不学R，哈哈哈哈哈....

   如果perl就是学不好，那么就学python，因为我见过好几个朋友就是这样过来的。

   如果python学不好，那么你学R，重点学好文本处理，然后你是我见过的第3个用R完成一切文本处理的人....

   如果上述的都不想学，恭喜你，你就是被上帝选中的人，你还有淘宝，淘宝上几乎什么都能买到，除此之外，你还有TBtools，这是一个能帮你完成各种常见生信数据下游利用的工具。