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武汉大学和南京大学都是国内排名前十的顶级名校，也都在国际上有着较大的影响力。不过这两所大学受欢迎程度不一样，那些高考分数很高的一流学生，在实力允许的情况下，多会选择南京大学，所以南大的分数线更高。 
以2021年安徽高考为例，理科，武汉大学投档线为651分，南京大学投档线为669分；文科，武汉大学的投档线为654分，南京大学的投档线为658分。南京大学的分数线全面超越武汉大学，不得不承认两校之间还是存在有一些差距的，这些差距主要体现在以下4个方面。武汉是湖北省省会、中部六省唯一的副省级城市，也是中国中部地区的中心城市、全国重要的工业基地、科教基地和综合交通枢纽；南京是江苏省省会、副省级城市、特大城市，也是中国东部地区重要的中心城市、科教基地，又是东部沿海经济带与长江经济带战略交汇的重要节点城市。
综合来看，武汉和南京的地理位置均非常重要，但很奇怪的是，在很多人的第一印象中，南京要更胜一筹。这种感官认知直接影响到人们的选择，不仅是武汉大学，坐落在武汉的其他高校，即便实力与南京的部分高校相当，高考招生分数线也会低一些。从学校官网的最新数据看，拥有四个校区的南京大学，现有本科生13196人、硕士研究生16072人、博士研究生7693人、留学生1415人；武汉大学现有普通本科生29504人、硕士研究生19516人、博士研究生8289人、外国留学生1830人。武汉大学规模远在南京大学之上，其中本科生人数接近南京大学的两倍。
不过，若细心观察，我们就会发现，南京大学的生源结构更“优秀”。武汉大学的生源结构是“金字塔型”：本科生人数最多，硕士生人数次之，博士生人数最少。这是绝大多数高校的生源结构模式，比较普通；南京大学的生源结构是“橄榄型”：本科生和博士生人数相对较少，硕士生人数最多，两头小，中间大。“橄榄型”生源结构是高校教科研实力顶尖的重要特征之一。武汉大学和南京大学都是“985工程”重点建设高校、世界一流大学建设高校，也都入选了“珠峰计划”、“强基计划”，不过南京大学比武汉大学多了两个很有影响力的头衔：国内首个顶级大学联盟“九校联盟”成员；“华东五校”成员。
“九校联盟”涵盖的九所大学被许多人认为是国内实力最强的九所高校，它们跟不少世界顶级大学联盟有良好的合作关系，比如英国罗素大学集团、德国U15大学联盟等；“华东五校”是东部地区五所最好大学的统称，在民间很有声望，最近几年的大学排行榜，“华东五校”基本都包揽了国内第三到第七的位置，排名仅次于清华北大。很明显，南京大学在身份上占据了一些优势。截至2021年3月，武汉大学拥有8位中国科学院院士、6位中国工程院院士、3位欧亚科学院院士、6位人文社科资深教授、5个一级学科国家重点学科、17个二级学科国家重点学科、4个国家重点实验室。
截至2020年11月30日，南京大学拥有29位中国科学院院士、4位中国工程院院士、1位中国科学院外籍院士、13位外国院士（含国际）、8个一级学科国家重点学科8个、13个二级学科国家重点学科、7个国家重点实验室。师资、尖端学科和科研平台，南京大学均强于武汉大学。这还没有考虑到南京大学的学生规模，倘若把师生数量考虑进去，南京大学的顶级学者“密度”和学科精度更高。以上4个方面的差距，是南京大学更吃香的主要原因。当然，不管是武汉大学，还是更受欢迎的南京大学，都在一定程度上代表着国内高等教育的最高水平。而未来总是充满变化的，如果有利因素发生转变，武汉大学或很快就会比南京大学更受欢迎。这种情况不是没有发生过，上世纪八九十年代，武汉大学曾一度媲美清北，受顶级高考生热捧。话说回来，一流大学的交锋，终究是“高处不胜寒”，我们普通人，能考上一所211大学就谢天谢地了。
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