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在阅读文献的时候看到了下面这个示例图，是GO分析之后的一个柱状图，这个图的特别之处在于，同一个柱子，用左侧Y轴指示共有多少个基因，用右侧Y轴指示基因所占的百分比，也就是说，同一个柱子分别用左Y轴和右Y轴表达了两层不同的意思。 其实这样的设置利用graphpad也可以做到，本期简单讲解一下。 1.打开graphpad软件，由于示例图是单个的柱状图，所以选择column数据类型，然后依次选择Enter or import data into a new table，Enter replicate values, stacked into columns。点击Create。 2.输入数据。假设共有100个基因，富集到A, B, C, D过程上的基因分别有10, 20, 30, 40个。 3.点击左侧Graphs下的Data1，如下图所示，选择图形类型，直接选择柱状图，点击OK即可。 4.原始柱状图如下图所示。可以看到，此时的柱子只有左侧Y轴，只表达了基因数目这层意思，没有右侧Y轴表达基因所占的百分比这层意思。 5.双击坐标轴，如下图所示，首先添加右侧Y轴。左侧Y轴表示基因数目的最大数目为40，所以将左侧Y轴的范围设置为0-40。基因数目10对应基因所占比例10%，20对应20%，30对应30%，最大的40对应40%，所以将右侧Y轴的范围同样设置为0-40，点击OK。 6.此时的图形如下，现在同一个柱子既利用左Y轴表达了基因数目这层意思，也利用右Y轴表达了基因所占百分比这层意思。然后根据需要再做些其他调整即可（如坐标轴标题，给右Y轴的label添加%等）。 我们在推文中举的例子是10，20，30，40，所占比例正好也对应为10%，20%，30%，40%，这种情况设置起来比较简单。假设共有50个基因，富集到A，B，C，D通路的基因数目为12，17，14，13，那么此时的情况下该如何作图，或者其他更复杂的情况下该如何做图？其实作这个图的关键在于如何将左右侧Y轴的数据对应起来。感兴趣的可以自己琢磨一下，也可以尝试其他方法。 |
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