研究生期间,学习数量遗传学时,对配合力的概念感到很神奇,曾经和同学讨论过,按道理说曹操的一般配合力很高,几个孩子都很出色。 那么问题来了,什么是一般配合力?一般配合力就是可以稳定遗传的因素,即曹操和不同女性生育的孩子,都很出色,这表明这种出色不因为不同女性的差异而变化,说明这种出色是遗传自父亲,因此曹操的一般配合力比较高。 那么什么是特殊配合力呢?看一下曹操的父母,这可以理解为其父母之间的特殊配合力比较高。 同学表示这很伪科学,并表示我这种思想很危险,乱套概念。。。 教科书的定义: 下面通过一篇文献,介绍一下配合力的计算方法。 同事去四川出差,同桌再三嘱咐要带兔头,并表示会在他回京之前提醒他——-带兔头。另一个同事一直认真的认为:“兔兔这么可爱,为什么要吃它”。 文献参考: Adenaike A S, Osisanya T O, Ogunsola O D, et al. Combining Ability and Inheritance of Growth Traits in Rabbits[J]. Journal of Biology Agriculture & Healthcare, 2013. 试验设计如下: 三个兔子品种,进行双列杂交(无自交,有正反交),共6个组合,每个组合重复了5次,测量其子代的性状,评价三个兔子品种的一般配合力和特殊配合力。 数据分析思路: 首先采用方差分析的方法,将其作为固定因子计算一般配合力和特殊配合力效应值,然后作为随机因子计算方差组分,根据方差组分计算遗传力。 计算结果: 一般配合力和特殊配合力结果: 这个里面我们也可以计算配合力的显著性。 遗传力的计算: 文章中可以改进的地方: 文章还在用方差分析的形式,计算效应值作为配合力值,这种算法有缺点,比如有缺失值或者数据不平衡(比如重复不一致),计算不准确。推荐使用混合线性模型,将亲本和组合作为随机因子,可以直接计算方差组分,而且可以将BLUP值作为配合力。当然,如果使用混合线性模型,就不能得到文章中的配合力的显著性了。 总结: 配合力计算,无论是动物育种,还是植物育种,都会经常遇到,关键是要理解什么是配合力,以及为什么要计算配合力。 特殊配合力一般用于划群,比如划分父本群和母本群,就是因为这两个群的特殊配合力比较高,如果我们不断提高父本群和母本群的一般配合力,而且同时保持两群的特殊配合力,育种才会不断的提升。 如果有需要讨论的问题,欢迎联系我:dengfei_2013@163.com 什么?你想看代码? 数据描述: 数据:孔繁玲《植物数量遗传学》第十章(p282页)例10.8 父本有4个,母本有7个,共有4*7=28个组合(家系),重复2次。 # 没安装learnasreml
# devtools::install_github("dengfei2013/learnasreml")
library(learnasreml)
data("NCII")
dat = NCII
str(dat)
# 收费软件解决方案
library(asreml)
mod = asreml(yield ~ Block, random = ~ P1 + P2 + Fam, data=dat)
summary(mod)$varcomp
# 广义遗传力
pin(mod, hb ~ (V1+V2+V3)/(V1+V2+V3+V4) )
# 狭义遗传力
pin(mod, h2 ~ (V1+V2)/(V1+V2+V3+V4))
# 配合力
coef(mod)$random
# 免费软件解决方案
library(sommer)
mod = mmer2(yield ~ Block, random = ~ P1 + P2 + Fam, data=dat)
summary(mod)
# 广义遗传力
pin(mod, hb ~ (V1+V2+V3)/(V1+V2+V3+V4) )
# 狭义遗传力
pin(mod, h2 ~ (V1+V2)/(V1+V2+V3+V4))
# 配合力
randef(mod) 结果整理: 一般配合力: 特殊配合力: 编者自语,这篇文章终于可以和公众号名称匹配了,没有育种没有统计没有意思。。。怎么断句。。。 什么,你想打赏? 附上二维码。。。 |
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