使用GATK CombineGVCFs命令批量合并vcf文件

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GATK是一款强大的数据处理软件，最近在优化GWAS流程时遇到一个麻烦事，就是要将各样品的VCF文件进行合并，本来GATK里面有一个可以合并VCF数据的命令 CombineGVCFs，可以将所有样品的VCF合并成一个文件。但是这个命令需要一个一个输入文件名。

熟悉GWAS的小伙伴应该清楚，GWAS项目动辄上百个样品，让人一个一个输入还是很繁琐的。因此我写了个shell脚本，能够快速输入样品名称，并执行CombineGVCFs命令。

脚本

Ref_genome="genome.fna"

echo 'gatk CombineGVCFs \' > combine.sh #将命令写在另一个脚本里

echo '-R' ${Ref_genome} '\' >> combine.sh

for i in {*.g.vcf.gz};

do

echo '--variant '${i}' \' >> combine.sh;

done

echo '-O all_sample.g.vcf.gz' >> combine.sh;

sh combine.sh #执行combine.sh脚本

# -R 参考基因组 --variant 输入变异文件 可以输入多个文件 -O 输出文件

来看看执行脚本

cat combine.sh

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