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由于亚历山大三世的绝嗣，苏格兰王室绝嗣，一时群龙无首。苏格兰贵族只得邀请英王爱德华一世来仲裁，外号长腿的爱德华，身材高大，相貌英俊，野心勃勃，一心想吞并苏格兰。爱德华一世舍弃与老国王血统最近关系最亲密的的罗伯特·布鲁斯，扶植软弱无能的约翰·巴里奥尔为苏格兰国王，后者完全成为英格兰的傀儡。之后爱德华一世及英国贵族对苏格兰提出种种无理要求，连软弱的约翰巴里奥尔也忍无可忍。1295年，约翰秘密派使者来到法国。与法王腓力四世签订盟约。共同组成反英国同盟，史称“老同盟”。老同盟（英语：Auld Alliance，法语：Vieille Alliance），是指欧洲中世纪时期苏格兰与法国之间长达两个多世纪的针对英格兰的同盟关系，包括一系列攻击性和防卫性的双边条约。同盟开始的标志是1295年10月23日在巴黎签署的条约，历经周折，直到1560年的爱丁堡条约才中止了两个国家之间的特殊同盟关系，持续时间265年。一般认为这是世界历史持续时间最长的盟约之一。 
爱德华一世听说苏格兰与法国签订盟约，大怒。次年，爱德华率英军入侵苏格兰，约翰率军抵抗，被英军打的稀里哗啦，本人及数百贵族被俘，爱德华一世干脆自立为苏格兰统治者，还夺走了苏格兰的圣物“命运之石” (也叫斯昆石，是当年肯尼思一世和历代苏格兰王加冕时就座的宝物）使苏格兰人民感到奇耻大辱。（斯昆石直至1996年才归还苏格兰）爱德华令萨里伯爵约翰·德·沃勒内驻守苏格兰，班师回朝。经此一役，爱德华也赢得了所谓“苏格兰之锤”的称号，苏格兰到了亡国灭种的地步。英军征服苏格兰后，英格兰贵族在苏格兰地区倒行逆施，无恶不作，1296年，苏格兰各地都爆发了大规模的反英起义，起义的主要首领有安德鲁·穆瑞，威廉·道格拉斯，威廉·华莱士等。面对英军的强大压力，苏格兰起义军不是被镇压下去就是投降，只有威廉·华莱士坚持了下来。威廉·华莱士出生于1270年代在伦弗鲁郡的埃尔德斯利的一个士绅家庭。我们对他早年知之甚少，而且他的生活中有很长一段时间没有可靠的史料印证。据说他自幼习武，力大无穷，英军占领苏格兰后，在苏格兰烧杀抢掠，无恶不作，激起了华莱士的愤怒。1297年5月，华莱士悍然举起义旗，和约30名男子焚烧了拉纳克并杀死了英国治安官后，组织了平民和小地主的军队，攻击了福斯河和泰河之间的英格兰军队。此战使华莱士声名大振，激发了饱受压榨的苏格兰下层人民的反抗意识。在他周围迅速聚集起三千多起义者，成为真正意义上的军队。而在此之前，追随他的不过是数十名亲族和一些真正的江洋大盗，至多算一支游击队罢了。政治上，华莱士由自发反抗占领军的残暴统治向为光复祖国而战转变，苏格兰贵族也开始与华莱士联合起来。并打出了“迎回巴里奥尔国王”的旗号，起义军势头大振。起义军攻破苏格兰重镇珀斯，大掠而还，尽杀城内英格兰人。
起义军攻破珀斯后，围攻苏格兰南部重镇，门户斯特灵，英军驻守苏格兰的萨里伯爵·约翰·德·沃勒内大怒，决定亲率大军围剿起义军。英军在约翰·德·沃勒内率领下前往增援，两军于福斯河隔河对峙。此战即著名的斯特灵桥战役，会战中，英军近万人，大多都是骑士和职业军人，苏军仅有5000多人，除300多贵族骑马作战之外，大多是临时武装起来的民兵和乌合之众，还有为数不详的当地龙鸣前来助战。与英军相比，处于明显劣势。但苏格兰军抢先占据高地。占据有利地形，英军由于没有船只，无法渡河，只得有斯特灵桥或者浅滩过河，但是两处浅滩只有在水位很低的情况下才能通行。斯特林桥是一座狭窄的木桥，最多只能让两名骑兵并肩通过。不仅如此，两侧桥头的堤道土质松软，重装骑兵完全无法施展。
出于对沙场礼节的尊重，沃勒内派遣两名多明我会修士过河。沃勒内让两名修士转告华莱士，如果他能接受“王上的和平”，自己将保证华莱士的生命，并对他以往所犯之“罪行”既往不咎。对此，威廉·华莱士的回答是：“告诉你们的人，我们到这里来不是为了什么和平，我们是来打仗的。我们要向你们报仇雪恨，我们要解放自己的国家！！他们想来就来，我们已经做好的准备，就在这里恭侯。” 华莱士带有挑衅性的回答不仅让沃勒内目瞪口呆，也令原本趾高气扬的英军将士为之气沮。英军将领之间发生了严重的意见分歧，一些人认为华莱士的宣言不过是“歹徒在虚张声势”，其他的人则主张要小心谨慎。为了统一众将的意见，沃勒内召开了一个紧急军事会议，会议上一名在欧文向英军投降的苏格兰骑士理查德·鲁迪爵士告诫萨里伯爵：“大人，如果我们上桥的话，必将死无葬身之地。因为我们只能两个两个并排通过桥面，敌人正对着我们的侧翼，他们可以随心所欲的冲下山来攻打我们，集中兵力打击我们的前锋。离这不远有一处浅滩，在那里，我们一次可以通过六十人。请拨给我五百名骑兵和一小队步兵，我将率领他们绕到敌军的背后，打击他们、粉碎他们。我的伯爵大人，与此同时，您和大队人马就可以万无一失的通过斯特林桥了。” 大多数英军将领们都不赞同鲁迪爵士的意见，在他们看来兵分两路是不明智的，这可能是英格兰贵族的傲慢和对苏格兰的“变节者”的不信任所致，英军群情激奋，沃勒内无奈，只得下令全军过桥，英军全军拥挤上桥，乱哄哄挤成一团，华莱士令苏军按兵不动，等待时机，放大半英军过桥。半渡而击，争取全歼英军。当大半英军已经过桥在整理队形，部分英军还在桥上时，苏军突然由山上冲杀下来，夺取并控制了桥头堡，将过河英军与未渡河英军拦腰切成两半，苏军步兵排成密集队形狂呼乱叫，挥舞长枪冲杀下来，过桥英军还在整队，猝不及防，大败，纷纷被挤入河中，落水死者不计其数。苏军发起反击。英军大溃，桥南岸还没过河的约翰德沃勒内魂飞魄散，率还没有过河的残部慌忙逃走，苏军追杀数十里，英军全线崩溃，苏军胜。苏军以伤亡数百人代价击毙俘虏英军数千人。斯特林桥战役粉碎了英军不可战胜的神话，极大地鼓舞了苏格兰人民反抗英格兰的决心，此战也使得华莱士获得巨大威望，并被授予“骑士”头衔，被贵族推举为苏格兰的“护国主”，成为苏格兰起义军的领导。
苏格兰局势的发展，使得英格兰不得不引起注意，英王爱德华一世决定御驾亲征，1298年，爱德华一世率大军亲征苏格兰，华莱士率军迎战，两军与福尔柯克相遇。苏军处于劣势，排成数个密集的长枪方阵迎敌，以便互相支援，正面坚不可摧，狡猾的爱德华下令使用威尔士长弓兵万箭齐发，缺乏盔甲保护的苏格兰长枪手在箭雨下一排排地倒下，产生缺口，爱德华命令骑兵从打开的缺口处发起冲击。在箭雨的掩护下，骑兵很快就突破且击败了对手，接着便向苏格兰的步兵发起追击，苏军大溃。华莱士手杀十数人后突出重围逃走，苏军崩溃，英军获胜。福尔柯克会战也成为华莱士生涯的转折点，尽管华莱士指挥并无失误，但威望大减，他于同年12月辞去监护职务，并由贵族罗伯特·布鲁斯接任（此人后成为苏格兰国王）1299年华莱士前往法国，此后在苏格兰担任游击队领导人。苏格兰独立运动转入低潮。此后几年，华莱士率部与英军展开游击战争，1305年，在叛徒出卖下，不幸被英军逮捕，华莱士被英王以“叛国罪”下令处死。并被肢解示众。
华莱士死后，罗伯特 布鲁斯继承了他的衣钵，与华莱士不同的是，罗伯特出身贵族，早年与巴里奥尔争夺王位未果，一怒之下曾投奔爱德华一世，爱德华一世答应扶他上台，但是很快食言。罗伯特 布鲁斯又转投起义军，曾与华莱士并肩作战。福尔柯克会战失败后 ，假意重新投靠爱德华一世（与影视作品不同的是，罗伯特·布鲁斯并未出卖过华莱士），1306年3月25日，英军主力撤出苏格兰，罗伯特见时机已到，自立为苏格兰国王，号罗伯特一世，又扯起了反英大旗。爱德华大怒，亲率大军御驾亲征罗伯特。罗伯特不是爱德华的对手，被打的稀里哗啦，弟弟奈杰尔被杀，王后伊丽莎白、妹妹克里斯蒂娜、玛丽、女儿马乔丽都被俘虏，但是罗伯特“野火烧不尽。春风吹又生”与英军展开游击战争，打了就跑。
眼见罗伯特越闹越凶，爱德华一世决定亲征，但在途中染上痢疾而不治，于1307年7月7日去世，终年68岁。继承大统的爱德华二世是个纨绔子弟，据说还是个基佬，昏庸无能，对于苏格兰的局势，他根本不予搭理。由于罗伯特势力增长，英方改善了他四位被俘家属的待遇。罗伯特·布鲁斯展开游击战争，不断对英军小打小吃。到了1313年，通过不断的小打小吃，罗伯特已经基本消灭掉了苏格兰境内的主要英国驻军，甚至劫掠了英格兰北部的诺森伯兰。为数不多的英国驻军聚集斯特林城堡，依托坚固的工事苟延残喘。苏军围攻斯特林堡，英王爱德华二世大惊，调集主力前来支援，双方在班诺克本展开决战，罗伯特·布鲁斯沉着应对，苏军采取守势，占据有利地形，背靠大山，居高临下，前方是河流和沼泽地，易守难攻。除此之外，罗伯特还在自己步兵的前方挖掘了一道3英尺宽深的沟渠，以部分抵消英军重骑兵的冲击力。
双方开战，英军先派出两支骑士小部队侦查地形，均被苏军击败，损失数百人，罗伯特本人更是一马当先。挥舞大斧。阵斩英军骑士亨利，苏军士气大振，英军士气大跌。爱德华二世大怒，6月24日一早，无知而又傲慢的爱德华二世就骑马出营，在山坡上下令：全军进攻。因地形不利，英军不得不分成几个集团徐徐前进，给了苏军各个击破的机会，苏军骑兵先迂回绕后，击溃英军长弓兵，英军骑士反攻，苏军骑兵不敌败退，英军骑士追击，看似慌不择路的苏格兰人，顺势把英国骑兵诱到苏格兰步兵前方的沟渠上，苏格兰骑兵用自己预留的的小道回到全军后方，而英国骑兵则一头栽进沟渠。损失惨重。没有落入沟渠的英国骑兵，慌不择路，又一头撞上了严正以待的长枪方阵。面对众多手持长枪的重步兵，最前排的英国骑兵损失惨重，开始溃败，冲乱了后面还在前进的英军步兵。苏军步兵结成密集的长枪方阵冲下山来，英军大败，爱德华二世见前方部队溃败下来，临阵脱逃，英军见主帅逃走，也纷纷溃逃，苏军追击，英军大败。伤亡近万人。这是英国古代历史重对外伤亡最大的一场会战，伤亡近万人。因为这场失败，爱德华二世声名狼藉，威望大跌。战后，罗伯特布鲁斯发起反攻，入侵英格兰本土，甚至派弟弟爱德华布鲁斯进攻并夺取爱尔兰，英军难以招架，只能释放罗伯特布鲁斯被俘的亲属。1323年，爱德华二世终于被迫承认苏格兰独立。苏格兰独立战争最终胜利。
1314年11月，罗伯特在斯特林附近的坎布斯肯尼斯修道院召开议会，通过一项法案，要求立场尚未明确的土地所有者必须表态，是忠于自己还是忠于英格兰，几乎所有人都表示效忠于他，这标志着罗伯特在苏格兰的统治地位得到确立。大量英格兰贵族在此战中被俘，为了交换俘虏，英方释放了罗伯特被囚禁8年的妻子、妹妹、女儿。1320年，罗马教皇开始承认罗伯特的地位1328年，爱德华二世的继承者爱德华三世与罗伯特签订《北安普敦条约》和《爱丁堡协议》，正式承认了苏格兰王国的独立主权1328年，爱德华二世的继承者爱德华三世与罗伯特签订了《北安普敦条约》，正式承认了苏格兰王国的独立主权。次年，罗伯特布鲁斯病死。罗伯特晚年因深感自己曾为了家族利益而反复无常，排斥异己又利用盟友，同时曾在教堂中手染鲜血，于是决心发动十字军以洗脱罪孽。但他本人已病重无法随军远征，即嘱咐忠诚的部下詹姆斯·道格拉斯（詹姆士·道格拉斯）领导队伍，并要求在自己死后将的心脏取出，保存在盒子中同行。罗伯特死后道格拉斯忠实地遵守了诺言，他在1330年早春离开苏格兰，脖子上戴着用链子绑住的银制琉璃骨灰盒，里面陈放着罗伯特·布鲁斯的心脏。道格拉斯半路上于塞维利亚受到了卡斯蒂利亚(西班牙的一个王国）国王阿方索十一世的迎接，阿方索委托道格拉斯在对抗格林纳达的穆斯林战役时指挥他的一部分军队，此战中道格拉斯中了埋伏，他取出盒中的心脏用力扔向前方，放声呼喊：“向前冲吧，勇敢的心啊，就像以往汝曾经做的那样，道格拉斯将追随汝或者奋勇战死”（Forward, brave heart, as ever thou were wont to do, and Douglas will follow thee or die.）（一说为留在怀中并对其自言自语），最终战死沙场。“勇敢的心”典故即由此而来。（历史上，勇敢的心指的是罗伯特·布鲁斯而非华莱士）罗伯特·布鲁斯的心脏被道格拉斯的战友威廉·凯思带回苏格兰，安葬在梅尔罗斯修道院。布鲁斯被苏格兰人民视为民族英雄。
1329年，罗伯特布鲁斯去世，年仅5岁的独子大卫二世继位，英军见苏格兰主少国疑，又开始蠢蠢欲动。1335年，英军以爱德华·巴里奥尔为傀儡(约翰·巴里奥尔的孙子，约翰已于1314年死于英格兰)，再次大举入侵苏格兰，大卫二世不能敌，逃亡法国，苏格兰全境几乎又被英格兰征服。不久，英法百年战争爆发。英军主力南调对抗法国，大卫二世见有机可乘。1341年潜回苏格兰。领导独立战争，相继收复失地，至1346年几乎收回全部失地，兵临英格兰本土。在法国作战的英王爱德华三世令大将亨利·珀西率军抵御苏格兰军队，两军于内维尔十字遭遇。此战由于，苏军左翼指挥官罗伯特斯图亚特(罗伯特布鲁斯的外孙)临阵脱逃，致使苏军大败，由于英军主力忙于百年战争，无暇顾及苏格兰，所以也没太为难他，经过十几年的打打停停，1357年，苏格兰割地赔款，以巨额赎金为代价赎回被英国软禁11年的大卫二世，同时，英格兰扶植的傀儡王爱德华巴里奥尔退位，双方议和。大卫二世被释放。罗伯特因为在内维尔十字之战涉嫌临阵脱逃，受到怀疑。当时仍然无嗣的大卫二世示意宁可将王位传给英格兰国王也不会留给自己的外甥罗伯特。1363年，罗伯特斯图亚特曾试图起兵造反，但是很快投降，之后与他的四个儿子一起被监禁。直到1371年，大卫二世病重却仍然无嗣，罗伯特才被释放。1371年2月大卫二世去世。无子，3月，罗伯特斯图亚特加冕，继其外公而称罗伯特二世。他的继位标志着斯图亚特王朝的诞生，斯图亚特王朝(1371——1714)。
继位后的罗伯特二世因为年事已高，虽在位近20年，却没有什么突出成绩，其统治期间与英格兰的几次战斗也没有参加。1390年去世。子罗伯特三世即位，罗伯特三世是前任君主罗伯特二世和他的情妇所生最年长的儿子，本名约翰，大约于1349年时其父母的婚姻合法化（他们先前在1336年已经结婚，但是一些人批评那一个婚礼是不合标准的），约翰因而取得继承资格。并成功即位。1399年，罗伯特三世由于身体不适，任命其长子罗撒西公爵大卫·斯图亚特为苏格兰军队指挥。但是大卫与罗伯特三世的弟弟奥尔巴尼公爵发生争执，于1402年神秘死亡。罗伯特三世闻讯后，开始担心自己的幼子詹姆斯的安危，于是决定将他送去法国避祸。1406年初，詹姆斯坐船前往法国途中，由于有人告密而被英格兰军队捕获，被扣做人质索要赎金。罗伯特三世得知消息后悲痛欲绝，据说从此一病不起，很快逝世。他的幼子詹姆斯虽然是名义上的合法继承人，但是此后被英格兰扣留长达18年，苏格兰政权重新落入摄政贵族之手。罗伯特三世要求自己的墓志铭写：这里安葬着最差的国王和最悲惨的人。而且他不愿意被葬在苏格兰国王传统的安葬地斯昆，因为他觉得自己配不上这个荣誉。詹姆斯被扣押期间，虽然是苏格兰名义上的国王，但不过是英格兰的阶下囚。由他的兄弟阿尔巴公爵担任摄政，直至1420年，阿尔巴公爵去世，苏格兰支付巨额赎金，英国方面才将其释放。詹姆斯回国即位，称詹姆斯一世，同年，在百年战争中，英军围攻法国重镇梅伦，城内的法国守军与阿尔巴公爵派来的苏格兰援军坚守拒降，英国要求詹姆斯以苏格兰国王的身份劝说城内苏格兰军队投降，却遭到断然拒绝。城破之后，城内苏军都被英军处死，此事，给与詹姆斯一世的心灵以重大打击。1425年，詹姆斯一世回国后秋后算账，在斯特林处决了第二代阿尔巴尼公爵默多克和他的两个儿子。也由于梅伦围攻战的重要影响，詹姆斯决定加强君主专制，中央集权，以各种借口对苏格兰国内的大贵族如道格拉斯家族，麦克唐纳家族等操起屠刀，软禁或杀死他们的首领，并试图效仿英格兰议会改组苏格兰政治制度，因此，遭到国内贵族的一致反对，1437年，詹姆斯一世被一群反叛的贵族刺杀于珀斯的黑衣修士修道院。据说，他本来想躲进下水道中但却忘了自己几天前曾将下水道封闭。之后，叛乱的贵族大多被处决，由詹姆斯一世之子 6岁的詹姆斯二世即位。
詹姆斯二世年幼时由母亲——英格兰公主琼安摄政，仅仅两个月，就在大贵族的压力下被迫交权，仅仅保留监护权，琼安后改嫁大贵族斯图亚特，1439年8月，斯特灵城堡总管亚历山大·利文斯顿软禁了琼安及其新夫约翰·斯图亚特，迫使他们放弃对詹姆斯二世的监护权后于9月4日释放他们。詹姆斯二世有强而有力的政治手腕，他与苏格兰的领主们关系良好。在位期间，注重学术发展，当时成立了格拉斯哥大学。他有着父亲詹姆斯一世的不倦的魄力。詹姆斯二世十分推崇现代火炮。1460年，乘英国的玫瑰战争，詹姆斯二世进攻英格兰，他围攻英格兰人控制的罗克斯堡时，带来了许多进口自佛兰德的加农炮。8月3日，当他站在一座称为“狮子”的加农炮旁时，它意外炸膛，炮弹穿过他的大腿骨，将其击倒在地。他很快便死去了，年仅29岁。后来，安格斯伯爵乔治·道格拉斯继续领导围攻，在几天后攻陷城堡，在王后玛丽的命令下它被摧毁。他9岁的长子詹姆斯三世继位，太后玛丽担任摄政，直到三年后自己去世。
詹姆斯三世与他的父亲命运类似，他虽然统治了20年，但一生都在与反叛的贵族作战。并收回了挪威侵占的西部群岛，至此，在詹姆斯三世的时代，现代苏格兰王国的版图基本形成。1472年，詹姆斯三世小詹姆斯与英王爱德华四世的女儿塞西莉亚缔结了婚约，1480年，英王爱德华四世催促小詹姆斯南下完婚，但他的父亲却闪烁其词， 就在此时，詹姆斯三世的弟弟亚历山大找上爱德华，承诺将在爱德华的帮助下推翻哥哥，并在上台后宣誓效忠英王，将苏格兰南部割让英格兰，得到爱德华支持。英军悍然入侵苏格兰,詹姆斯三世率军抵抗，在途中，行至劳德，不满詹姆斯三世的贵族发动政变，将其扣押，并擅自在王子小詹姆斯的率领下与英国谈判，英军撤兵，史称“劳德私刑”，此事几乎导致詹姆斯父子决裂，1488年，小詹姆斯发动叛乱，战役地点就在班诺克本附近，双方尚未开战，詹姆斯三世即被贵族收买的侍从杀死，小詹姆斯即位，称詹姆斯四世。
新即位的詹姆斯四世长相英俊，好大喜功，除去可能的弑父篡位污点，（然而，在其余生，他一直用苦行忏悔，他一直在腰间紧束赎罪铁腰带）总体而言，还是较受群众欢迎。詹姆斯四世风流倜傥，情妇私生子成群，他热爱文化艺术，鼓励教育，重视科技，并将印刷术引进苏格兰，1508年，苏格兰建立了第一个印刷工厂，詹姆斯四世大力推广标准苏格兰语，并作为官方的行政，法律语言，为此，甚至印刷大量手册，在乡村中普及。他的宫廷中聚集着各种艺术家，哲学家，甚至炼金术师。此时，正值新航路开辟和文艺复兴时代，詹姆斯四世加强中央集权，镇压贵族叛乱。1489年，他平定了贵族叛乱，1493年，他又征服了群岛贵族，将苏格兰再次统一。同时，鼓励工商业发展，并通过赐予新兴的工商业阶层爵士和贵族头衔用以抗衡国内大贵族，1496年，詹姆斯四世强制所有的土地拥有者为他们的儿子支付教育费用，也正是在他的统治期间，苏格兰奠定了最高民事法院的基础，他还以重金打造了一支海军来保卫苏格兰不受英国船只的骚扰，他的旗舰“伟大的迈克尔”号是当时欧洲最大的船只之一。詹姆斯支持英格兰王位觊觎者珀金·沃贝克，并试图进军英格兰为其夺回王位，但是招致了英格兰国王亨利七世的报复。两国最终于1502年签订《永久和平条约》并联姻。1503年，詹姆斯迎娶了英格兰公主玛格丽特·都铎，这为其曾孙詹姆斯六世（即后来的英王詹姆斯一世）获得英格兰王位打下了基础。但英苏之间的和平并没有长期维持，1509年，亨利七世去世，亨利八世即位，1513年，很快发动与法国的战争，出于“老同盟”的义务，詹姆斯四世只得再次进攻英格兰，双方在弗洛登展开决战。结果，在与萨里伯爵指挥的英军的战争中，詹姆斯四世不听劝阻，脱离阵地，轻敌冒进，仰拱占据有利地形的英军，英军使用大斧头冲下山来，轻而易举击破苏格兰的长枪方阵，詹姆斯四世与十几名贵族战死，其遗体运往伦敦示众，苏军撤退。
詹姆斯四世的继承者是詹姆斯五世，即位时还是个吃奶的婴儿，由其母玛格丽特·都铎摄政。次年，玛格丽特·都铎改嫁安冈斯伯爵阿奇博尔德·道格拉斯后，改由堂叔奥尔巴尼公爵（詹姆斯二世之孙）继任摄政之职。不久，其继父第六代安冈斯伯爵阿奇博尔德·道格拉斯起兵驱逐奥尔巴尼公爵，将詹姆斯五世软禁于爱丁堡直至他于1528年亲政为止。因为安冈斯伯爵背后有英王亨利八世支持，所以詹姆斯成年后颇为厌恶英格兰。詹姆斯五世亲政后，继承父亲的风格，勤政爱民，他与王国的上层人物交往十分精明，对平民的生活和对话也十分感兴趣，当时，宗教改革的风潮席卷欧洲，英格兰亨利八世展开国教改革，与教会决裂，詹姆斯五世也欣然接受了马丁·路德的学说和伊拉斯谟的教育，向教会呼吁改革，但他更多地采取温和的手段，其改革也主要集中在财政政策方面，对苏格兰天主教会没有 产生根本性影响。外交方面，出于对英格兰的厌恶，詹姆斯断然拒绝英格兰的联姻提议，先娶了法国国王弗朗索瓦一世的女儿玛德琳，在丧妻之后，又娶了法国贵族洛林家族的玛丽·德·吉斯·洛林，此女出自法国最强大的贵族洛林家族，精明强干，身体健康，很快成为詹姆斯五世的贤内助，令英王亨利八世颇为恼火（此女曾拒绝亨利八世的求婚）1541年，英苏关系急转直下，詹姆斯五世的两个儿子夭折，同年，母亲玛格丽特·都铎去世。切断了其与英格兰的最后一点联系，双方很快大打出手。在次年的索维莫斯战役中，苏格兰军队大败，詹姆斯五世气急交加，不幸病倒，并于当年12月驾崩。
由于詹姆斯五世的两个儿子夭折，只剩下一个还在吃奶的女婴——玛丽。因此，玛丽被贵族推举为王，成为苏格兰历史上仅有的几位女王——玛丽一世（1542-1567在位），玛丽一世的命运十分悲惨，她童年的大部分时间都是在法兰西度过的，而苏格兰则由他的母亲摄政统治。1558年，她嫁给了表弟法兰西王储弗朗索瓦。两人十分恩爱，1559年，弗朗索瓦登上法兰西王位，是为弗朗索瓦二世，玛丽也一度成为法兰西王后，甚至同意在死前如果没有诞下子嗣，就将苏格兰送给法国，弗朗索瓦夫妇积极谋划取得英格兰王位，直至丈夫在1560年12月去世。玛丽在寡居后返回苏格兰，于1561年8月19日抵达利斯。四年后，她嫁给了她的另一个表弟达恩利勋爵亨利·斯图亚特，但两人婚姻并不美满。1567年2月，一场爆炸摧毁了达恩利的住所，而死于谋杀的达恩利则在花园里被发现，被人活活勒死，玛丽不知处于什么原因，嫁给了杀死达恩利的最大嫌疑犯——博思韦尔伯爵——在苏格兰国内臭名昭著的新教贵族詹姆斯·赫本，这一婚姻，遭到国内贵族和达恩利的支持者的一致反对，贵族纷纷发动叛乱，组成所谓“领主同盟”，爱丁堡的民众也走上街头，他们高呼玛丽是妓女，让她下台，贵族逼迫玛丽退位，让位她与达恩利的儿子詹姆斯，还是个吃奶的婴儿，玛丽被迫流亡英格兰，博思韦尔则流亡丹麦，并于1578年客死丹麦，流亡英格兰的玛丽仍然贼心不死，积极谋划取得英格兰王位，她基于自己的都铎血统，一度声称伊丽莎白是私生子，她的王位应属于自己，包括称为北方崛起的反抗者在内的许多英格兰天主教徒也视玛丽为英格兰合法君主。伊丽莎白视她为威胁，把她囚禁在英格兰内陆的各种城堡和庄园里。经过十八年半的监禁，玛丽被判在1586年密谋暗杀伊丽莎白，并于翌年被斩首。以这样的方式结束了悲剧的一生。
1567年，苏格兰贵族罢免玛丽·斯图亚特，其子詹姆斯被立为国王，称詹姆斯六世，由几个大贵族摄政。他本人在加尔文派的教育环境下，成为新教坚定的信徒。他即位后，在国内互相对立的阶层中挣扎茁壮：约翰·诺克斯（1572年过世）领导的加尔文派苏格兰长老会、新教贵族、天主教贵族等等，各类宗教势力蓬勃发展，群魔乱舞。1582年，他因为宠信一位天主教徒，在鲁斯文（ruthven）被某派系的新教贵族（背后有加尔文派的长老教会支持）挟持而软禁。1583年他从软禁中逃脱，在其他派系的贵族支持下，他把参与挟持的贵族赶出苏格兰，此后，十七岁的詹姆斯六世亲政。詹姆斯从小缺乏父爱母爱，寡言少语，不苟言笑，是一个十分沉闷的人，多疑猜忌。通过打压加尔文派，在1597年获得最终胜利，确立苏格兰的主教制，宣布政权高于教权，并把王权政府打造成史无前例的强大。不过苏格兰当时仍是经济落后的贫困区（人口不超过七十万），过半的地区被传统的地方氏族掌控中央政府偏弱（无法专制），因此詹姆斯六世的收入很少（当时的物价革命也逐渐冲击苏格兰，国王无财无兵），常常请求外国君主的资助，1587年，其母玛丽因卷入暗杀英国女王伊丽莎白一世的阴谋而被处死，詹姆斯为了讨好伊丽莎白以确保英格兰的津贴（一年四千英镑）与王位继承权，只公开表示遗憾，而不敢谴责伊丽莎白。极为可悲。1589年，詹姆斯迎娶新教强国——丹麦国王克里斯蒂安四世的姐姐丹麦的安娜（往后私下改信天主教，但夫妻感情和睦，不过安妮的奢糜日后损害了詹姆斯担任英王的名声），得到新教双强——英国与丹麦半公开的支援。从此以后，他更加能够利用苏格兰贵族派别的相互对立，居中操控，掌控大局，并灵巧地运用当时流行的猎杀女巫运动，煽动舆论、打击政敌；他同时利用精妙的文笔和精深的神学理论，撰写《自由君主制的真正法则》和《国王的天赋能力》等书，布道般地宣传君权神授观，最后在苏格兰获得极大的成功，广受人民爱戴。詹姆斯六世很快迎来命运的转折点，1603年，英王伊丽莎白去世，没有留下后代，血缘最近的反而是詹姆斯六世，就这样，詹姆斯六世神奇地被英国议会推举为英格兰国王，一向敌对的英格兰，苏格兰，以这样戏剧的方式置于同一君主的统治下，（虽然两国的正式合并要等到1707年），从此，无论是苏格兰，还是英格兰，他们的历史都掀开了新的一页。
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