我们知道由于蜂蜜具备高糖低水分、带酸性和抗菌物质等特性，蜂蜜一般不会变质，因此能看到保持十几年到上千年的蜂蜜还能吃。蜂蜜变质尤其是封盖蜜变质和收获时水分含量有莫大的关系，而且加工过程中微生物增加、收获后不正确的储存方式、当地气候潮湿都可能影响封盖蜜发酵变质。
水份含量低的封盖蜜，不容易发酵，干燥的地方产的蜜比湿润之地产蜜浓度更高，无一不和蜂蜜水分有关系。如果生产者在连绵多余的南方生产荔枝蜜和龙眼蜜，即使蜂蜜封盖成熟，也不可能使蜂蜜水分达到18%以下，不能够在常温下久存不坏，荔枝、龙眼这种水分多的蜂蜜，在室内储存发酵是必然的。这一点在蜂蜜行业标准《GB18796-2012》中也有区分，行业标准规定：荔枝蜂蜜、龙眼蜂蜜、柑橘蜂蜜、鹅掌柴蜂蜜、乌桕蜂蜜一级品水分含量≤23%，二级品水分含量≤20%。 微生物无处不在。蜂蜜中天然存在的微生物包括细菌、酵母和霉菌，这些菌类可能来自花粉、蜜蜂的消化道、空气、污垢等。由于蜂蜜具有一定的抗微生物特性，而且这类微生物通常在蜂蜜中只少量存在，正常情况下难以繁殖，不会引起健康问题。 但蜂蜜在生产过程中可能会增加大量微生物，主要是受到人、设备、容器、风、灰尘、昆虫、动物和水的二次污染。如果蜂蜜存放不正确，它可能因被污染失去某些抗菌性能从而产生发酵变质。如果蜂蜜密封不当，蜂蜜吸收空气中的水分，导致水分含量可能会上升到高于18％的安全水平，增加了发酵的风险。另外，打开的罐子或容器可能会使蜂蜜被周围环境中的微生物污染，微生物会在高水含量的情况下增长，从而导致蜜蜂快速变质。因此，应该将蜂蜜密封在阴凉干燥处的密闭容器中保存，理想情况是10℃以下。尽管蜂蜜具有抗微生物特性，由于各地环境状况不同导致封盖蜂蜜含水量不同，不可能统一达到蜂蜜水分含量18%以下，久存不坏的标准，而且如果在生产中受到污染或使用不正确的储存方式，封盖蜂蜜的仍然会发生发酵变质等化学变化。
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