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译名：人参多糖改变肠道菌群和犬尿氨酸/色氨酸比例，增强anti-PD-1 / PD-L1免疫疗法的抗肿瘤作用 时间：2022-5-18 期刊：Gut 影响因子：19.819 DOI：10.1136/gutjnl-2020-321031 程序性死亡1及其配体1（PD-1 / PD-L1）免疫疗法有望用于晚期肺癌治疗，但应答率有待提高。肠道菌群在免疫疗法致敏中起关键作用，人参已显示具有免疫调节潜力。在这项研究中，作者旨在研究人参多糖（GPs）和αPD-1单克隆抗体（mAb）的联合治疗是否可以通过调节肠道菌群来敏化应答。 作者给同基因小鼠模型使用GPs和αPD-1mAb，通过粪便微生物菌群移植（FMT）和PacBio 16S全长测序评估联合治疗对肠道菌群的抗肿瘤敏化作用，同时对血浆样品进行了代谢组学分析。作者发现GPs通过增加微生物代谢产物戊酸和降低L-犬尿氨酸以及Kyn / Trp的比例来增加对αPD-1mAb的抗肿瘤反应，这有助于抑制调节性T细胞并在诱导后Teff细胞诱导联合治疗。此外，微生物分析表明，在临床上对PD-1阻滞剂的响应者中，Parabacteroides distasonis和Bacteroides vulgatus的含量高于未响应者。此外，组合疗法通过将肠道菌群从无反应者重塑成有反应者而使从六只无反应者接受FMT的小鼠对PD-1抑制剂的反应敏感。结果表明，GPs联合αPD-1mAb可能是使非小细胞肺癌患者对PD-1免疫治疗敏感的一种新策略。肠道菌群可以用作预测抗PD-1免疫疗法反应的新型生物标志物。
译名：沿海最低氧区厌氧甲烷菌的时空动态变化 时间：2022-4-25 期刊：Environmental Microbiology 影响因子：5.476 DOI：10.1111/1462-2920.16003 沿海水域是大气中海洋甲烷的主要来源。在缺氧水域中发现了高浓度的强效温室气体，但尚不清楚厌氧甲烷菌是否可以减轻甲烷量。本研究结合生物地球化学分析、实验培养和16SrRNA基因测序，研究了哥斯达黎加杜尔斯沿海最低氧区(OMZ)甲烷营养活性和甲烷营养群落的动态变化。结果表明，在缺氧的底水中，高浓度甲烷具有稳定的氧化还原区带。然而，在OMZ的核心，甲基球菌的OPU3和Deep Sea-1具有高活性，分别在缺氧界面以下5-25m和深缺氧水中达到峰值。尽管它们对厌氧甲烷氧化的遗传能力仍未被探索，但它们持续的高相对丰度表明这些演化支系适应了缺氧、富含甲烷的OMZ环境，使它们在减缓甲烷通量方面发挥了主要作用。
Comput Biol Med
译名：利用16S全长rRNA序列比较分类器的性能 时间：2022-6 期刊：Computers In Biology And Medicine 影响因子：3.434 DOI：10.1016/j.compbiomed.2022.105416 物种注释是细菌16S rRNA测序分析中的重要一步。在过去的十年中，该领域的大多数研究都使用NGS测序技术扩增V3~V4区域来分析细菌组成。然而，只关注单个或两个高变区域限制了分类学分辨率到物种水平。近年来，三代测序技术使研究人员能够轻松地获得全长的原核生物16S序列，并为获得更大的分类深度提供了机会。该研究的目的是比较几种广泛使用的16S物种注释分类器的准确性，并为每个分类器找到最适合的16S训练数据集。利用筛选的16S全长序列和交叉验证数据集验证了7个分类器的性能，包括QIIME2、mothur、SINTAX、SPINGO、RDP、IDTAXA和Kraken2。根据实验结果，以RDP序列作为训练数据，SINTAX和SPINGO的准确率最高，推荐用于原核16S全长rRNA序列来提高分类分配中的准确性和分类分辨率。
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