【原】中山大学的鼻咽癌肿瘤外显子队列

主要是因为前面已经有了新加坡和香港的鼻咽癌肿瘤外显子队列做了一些描述性研究，所以本文只能是落脚在预后才有可能异军突起。详见：

• 2014，Nature GeNetics杂志的，新加坡的鼻咽癌肿瘤外显子队列
• 2016, PNAS杂志的，香港大学的鼻咽癌肿瘤外显子队列

本次要分享的中山大学的鼻咽癌肿瘤外显子队列这个研究的肿瘤外显子队列是  82 primary NPC tumors from Sun Yat‐sen University Cancer Center (Guangzhou cohort)  ，但是有详细的病人临床预后记录，所以后面可以做生存分析。其测序数据上传到了北京基因组所，编号是 CRA001397，所以基本上不太可能下载其原始的fastq测序数据自己处理，假如有类似的肿瘤外显子测序数据，可以看《肿瘤外显子》专栏的目录（节选）如下：

• （一）读文献并且下载测序数据
• （二）质控与去接头
• （三）比对
• （四）比对结果的质控
• （番外篇）bam文件载入igv可视化
• （五）GATK的最佳实践
• （六）vcf文件的注释及ANNOVAR的使用
• （七）maftools可视化
• （八）不同注释软件的比较（上）：安装及使用
• （八）不同注释软件的比较（中）：注释后转成maf文件
• （八）不同注释软件的比较（下）：可视化比较maf文件

结合公共数据

主要是两个鼻咽癌的肿瘤外显子队列：

• Singapore (n = 55)   ，SRA035573
• Hong Kong (n = 49) ，SRA288429

这两个队列详见：

• 2014，Nature GeNetics杂志的，新加坡的鼻咽癌肿瘤外显子队列
• 2016,PNAS杂志的，香港大学的鼻咽癌肿瘤外显子队列

这两个队列都是很容易下载fastq测序数据，走fastq数据文件的找变异流程。但是作者仅仅是比较了不同队列的突变负荷，以及突变的分类：

突变负荷，以及突变的分类

这个没什么好说的， 因为都是同一个癌症，也很少同时鼻咽癌有差别比较悬殊的分子分型，所以基本上不会有统计学显著的差异。

肿瘤somatic突变全景图

因为前面已经是有3个鼻咽癌肿瘤外显子队列秀了全景图， 所以本次文章并没有在全景图方面过多描述，仅仅是一个点突变瀑布图：

点突变瀑布图

也有拷贝数变异的全景图。

突变对应的 通路的决策树分类

如下所示，可以看到能区分成为3个亚型：

• (a) an unclassified subgroup,
• (b) a cell‐cycle subgroup,
• (c) a RAS/PI3K/AKT subgroup

同样是全景图很容易看到3个突变的分子分型差异：

3个突变的分子分型差异

有预后作用

可以看到这个突变角度的3分子分型不仅仅是在作者自己的82个病人队列有生存意义，而且在另外一个公共数据集99人队列里面也验证出来了 ，这样它这个分子分型的临床意义就拔高了 ：

有预后作用

再次点出来这个肿瘤外显子队列的主题：

This study proposed three novel NPC subcatego- ries based on gene sets with somatic SNVs, indels, and CNVs: (a) an unclassified subgroup, (b) a cell‐cycle subgroup, and (c) a RAS/PI3K/AKT subgroup, revealing that different mutagenic processes are operative through NPC development.

写在文末

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