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GSCA网址：http://bioinfo.life./GSCA/#/

点击链接，进入网站首页我们可以看到GSCA数据库主要分为四个模块，包括基因表达模块、免疫模块、突变模块和药物敏感性模块。

1.基因差异表达

气泡图展示了肿瘤组织与癌旁组织之间基因集的表达差异。气泡的颜色变化代表肿瘤组织与正常组织之间基因表达倍数的变化。分析结果以FC> 2和显著性FDR<0.05为过滤条件，气泡的大小表示FDR值大小。

点击左侧表格中癌症名称如图中“BLCA”，会展示出该基因在这种癌症中的差异表达柱状图。

点击左侧表格中某个基因的名称，会展示出该基因在33种癌症中的差异表达情况。

通过单击左侧结果列表种某个基因按钮如“AFP”，可以获取某癌症中该基因高表达和低表达患者的Kaplan-Meier生存曲线。

 

通过单击左侧结果列表中的某个基因按钮，可以得到该基因在某癌症不同分期的表达情况。

4.基因表达与癌症亚型之间的相关性

该模块展示了不同癌症亚型中基因表达的情况。气泡颜色代表FDR值的大小。

单击左侧结果列表中基因名，可以通过箱形图获了解该基因在不同癌症亚型中的详细表达分布。

5.GSEA（基因集富集分析）

条形图展示了所输入的基因集在这些癌症中的富集得分。

通过单击左侧结果列表中的某个癌症按钮，即可得到富集图。

6.GSVA评分和生存的相关性

结果图展示了高GSVA评分和低GSVA评分患者预后情况，气泡颜色代表HR值，被黑色轮廓线圈起的点表示Logrank P<0.05。

通过点击左侧结果列表中某一癌症类型按钮可以查看具体的Kaplan-Meier生存曲线图，包括OS和PFS。

   二、免疫模块

在免疫模块中，我们探索免疫细胞浸润与基因组特征之间的相关性，包括：mRNA表达、SNV、CNV和甲基化。

1.基因表达与免疫浸润的相关性

气泡的颜色代表相关性的大小，颜色越红代表成正相关，蓝色越蓝代表成负相关。气泡大小表示显著性的大小。被黑色轮廓线圈起的点表示FDR<0.05。

通过单击表格中的任意基因按钮，可以得到单个基因与免疫细胞相关性的散点图。

我们不仅可以查看mRNA 表达与免疫细胞的相关性，我们还可以考察SNV、CNV、甲基化与免疫的相关性，操作方法与上面相同。

   三、突变模块

在该模块中，我们可以分析基因集在不同癌症中的突变情况，此外我们还可以分析基因突变与患者预后和基因表达量的相关性。

1.SNV（单核苷酸变异）

热图向我们展示了基因集在不同癌症中的SNV频率。

通过单击左侧结果列表中的某个基因按钮，可以显示基因突变具体位点，类型和数量。

还可以展示基因水平的变异数量和类型以及TI和TV突变详细信息。

2.单基因SNV与生存

该模块提供了基因突变型和野生型患者的预后情况。气泡颜色越红代表风险越高，气泡的大小代表统计显著性的大小。被黑色轮廓线圈起的点表示FDR<0.05。

点击结果列表中的任意基因按钮，可以得到该基因野生型和突变型的Kaplan-Meier生存曲线。

   三、药物模块

在药物这个模块中，我们可以研究mRNA表达与药物IC50之间的相关性。主要研究的药物数据库有两个GDSC和CTRP。

气泡图展示了基因表达与药物敏感性的关系。气泡的颜色代表mRNA表达与IC50之间的相关性，气泡大小与FDR显著性成正相关，被黑色轮廓线圈起的点表示FDR<0.05。