【原】史上最全！人类肠道噬菌体基因组数据库

 肠道噬菌体对肠道菌群的塑造和演变有重要影响，但目前人们对肠道噬菌体的了解比较有限，为此我们构建了一个肠道噬菌体数据库：GPD，该数据可访问地址：http://ftp./pub/databases/metagenomics/genome_sets/gut_phage_database/

    通过分析28060个全球分布的人类肠道宏基因组和2898个培养肠道细菌参考基因组的数据集，构建了一个包含142809个非冗余噬菌体基因组(>10 kb)的集合。

  

 

图  开发GDP的流程图

 研究团队采用严格的质控方法，结合内部机器学习法，过滤宏基因组数据的高背景噪声，获得完整的病毒基因组，通过CheckV评估，组装的噬菌体基因组中，9.4%达到完整水平，19.6%为高质量基因组，GPD中噬菌体基因组中值为~31 kb，是其他数据库的2-3倍。通过 CRISPR spacers预测噬菌体宿主范围，发现28.66%的噬菌体可归属到2157株宿主细菌，并且与厚壁菌门相关的噬菌体的多样性最高。36%的肠道噬菌体可以感染一种以上的细菌，其宿主范围比较广泛。

 通过流行病学调查发现，至少在5个大洲发现了280个病毒群，且生活方式会造成肠道菌群明显差异。此外，发现一种新的噬菌体分支——Gubaphage，是继 crAssphages之后发现的第二大人类肠道噬菌体病毒群，且两大菌群之间没有同源性。

 总之，GPD是迄今为止最全面的人类肠道噬菌体基因组数据库，为研究者们分析人肠道噬菌体的多样性、细菌宿主和分布等问题提供帮助。

参考文献：Gut Phage Database: phage mining in the cave of wonders

DOI:10.1038/s41392-021-00615-2