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RNA融合标准品上新——Pan-Cancer 6-Fusion Panel (HD834)

 优宁维 2022-08-12 发布于上海

Horizon Discovery近期上新了一款RNA融合标准品,小刀觉得此品甚好,所以潜心研究、整理资料,为的就是给大家带来第一手的产品资讯。

Horizon分子诊断标准品的老粉都知道,HD784一直以来都是RNA融合热销产品,涵盖3个融合基因(EML4-ALK, CCDC6-RET, SLC34A2-ROS1),但越来越多的客户觉得3个融合基因远远不够,因此,更多的融合基因变体需求提上研发日程。

最终,HD834应运而生——Pan-Cancer 6-Fusion Panel,新品涵盖6个融合基因(TPM3-NTRK1, QKI-NTRK2, ETV6-NTRK3, EML-ALK, CCDC6-RET, SLC34A2-ROS1),存在于最常见的肺癌突变中,是非小细胞肺癌(NSCLC)检测的重要生物标志物。当然也包括其他癌症,如甲状腺癌、结肠癌等。


今天呢,小刀决定先从融合基因入手,三步走全方面展示HD834的产品性能:

1.什么是融合基因?
· 2个基因的2个部分融合在一起,通常由基因1的启动子和基因2的活性域构成
· 融合基因来源于染色体重排:translocation, interstitial deletion, chromosomal inversion
· 35%的融合基因是激酶基因,是癌症中最常见的融合基因类型


2.为什么融合基因如此重要?
· 融合基因在成人、儿童的多种癌症中得到验证,如乳腺癌、前列腺癌、肺癌、血癌等
   1)ALK, RET, ROS1融合:~8% 非小细胞肺癌(NSCLC)
   2)RET融合:10%-20% 甲状腺癌
   3)NTRK家族:NTRK1, NTRK2, NTRK3 – 有61种不同的融合变体
· 激酶融合通常是激酶抑制剂治疗癌症的靶点
· 多个NGS-RNA Seq oncology panels中包含ALK, RET, ROS & NTRK1-3:如Illumina’s™ TruSight™ Oncology 500 assay (Illumina™ Inc., 2022) ,the ArcherDX™ FUSIONPlex™ Dx assay (INVITAE™ Corp., 2022).

3.HD834新品亮点
· 涵盖基因:TPM3-NTRK1, QKI-NTRK2, ETV6-NTRK3, EML-ALK, CCDC6-RET, SLC34A2-ROS1


· 新的 ”Kinase-dead” 变体:NTRK1, NTRK2, ALK(在每个激酶的重要功能区域发生突变,使其失活或死亡)
· 6个融合基因都有其对应的稳定表达细胞系支持:使用来自单细胞稀释和受控生产环境的克隆细胞群,确保每个融合mRNA的可复制扩增水平,从而实现一致的外部质量控制
· 新的QC方式:融合生物标志物表达是通过RT-ddPCR测定的(QX200 ddPCR System (Bio-RadTM).)

HD834. Mean expression form FFPE RNA sections from 3 batches
(mean, with max/min error bars shown)

· DV200检测FFPE RNA完整性:FFPE RNA DV200≥65%被认为是高质量的,HD834可提供高质量的FFPE RNA,模拟临床FFPE样本,且适用于高质量的NGS RNA-seq文库构建

Typical TapeStation electropherogram trace for HD834/HD835 FFPE
RNA, showing DV200 region (200–10000 nt) in blue (measured DV200=83%), as
measured with the High Sensitivity RNA ScreenTape® Assay (Agilent™).

· 改进的FFPE蜡块制作方式:
   1)新的FFPE固定方法,使生产RNA蜡块变得更加便捷
   2)新的生产工艺让蜡块更均一
   3)更高的RNA产量(≥ 100 ng RNA/section)
   4)为后续提供涵盖更多变体的新品奠定基础


新品订购信息:

货号品名规格
HD834Pan-Cancer 6-Fusion Panel1 FFPE curl
HD835Pan-Cancer 6-Fusion Panel (Negative Control)1 FFPE curl

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