【原】今日数据分析 - 二三小事

1. 迂回下载海外组学数据

前段时间，集群出了点状况，多少影响了数据分析进度。目前也没集群可用，于是只能用自己的电脑。人在贵阳，好在前段时间还是下血本（两个月的工资）搞了一个工作电脑，勉强可以用来跑跑小型的组学数据。然而，数据传输或者下载又是一个问题。或许是我个人错觉，也或许是现在就这样，我们要从 NCBI SRA 下载数据是比较....麻烦的，速度实在太慢。于是大体折腾了下，迂回解决这个问题：

1. 购买香港主机，直接从香港主机下载

2. 中间跳板（使用Piping Sever）

3. 本地服务器接受数据（还是使用 Piping Server）

事实上，我是想用一些大文件快传软件的，不过似乎目前并没有好的实现软件。以前用的，都不行了。piping-server还是比较方便或许... 当然这个可以用在更多有趣的地方。

2. docker build -t scauclass

Emmm，同样，是希望在本地使用以前构建的镜像。但是死活跑不起来。报错大体如下

各种搜索，找不到解决方法。不过不能build，却可以直接load已有镜像。最后还是问了下基友孙总，得到解决办法是：
直接新建一个目录，把Dockerfile 放进去，在里面build就可以了，有点意思。具体逻辑是：docker build 的时候会对工作目录中所有文件做索引进去，方便ADD或者COPY。由于我直接在E盘搞，可能有一些文件或者程序不被支持之类，所以出这个问题....

3. samtools 无法处理染色体过长的材料

在大基因组上，samtools或者bwa系列可能会有这个问题。我想，主要还是一个性能考量。