增值税是在流转过程中对增值部分征收的流转税，为了避免重复征税，流转过程中，下一环节交税要减去上一环节交的税（仅就增值税部分纳税），增值税就是这样一环一环的传递下去，直到传到到最终的消费者，所有增值税由最后的消费者买单。这个一环扣一环的情况就好像一条链条，所以我们很多时候说增值税是链条税，链条不断，增值税就不会重复征税，链条如果不完整，增值税就可能重复。比如，工厂出货到超市销售，工厂销售给批发商，批发商销售给超市，一环扣一环，上环节的销项税构成下一环节的进项税，上一环节的税通过链接传递给下一环节抵扣，知道最后销售者从超市购买这个商品，承担39的增值税，这39增值税就全部是最后消费者负担了(中间环节各自缴纳），国家收了39的增值税。这个时候链条是完整的，没有重复纳税，国家最终收了多少税，取决于消费环节的增值税税率。
比如下面这种情况，工厂是小规模纳税人开的3%专票，但是最终因为超市销售货物还是13%的税率，所以国家最终也收了39的增值税，没有变化。变化的仅仅是各个环节各自缴纳的增值税而已，当然在含税价格固定的情况下，因为各环节税率的不同也会让利润在各环节流动，很显然含税价格固定情况下，开3%的一方是赚了，而这个因为税点对价款的影响就传递给下一环节了。但是，只要链条不断，只要上环节的销项能传递给下环节，增值税是不会重复纳税的。
那么增值税链条断了的话，上环节的税就无法传递给下环节扣了，那自然会造成重复纳税。比如如果批发商是小规模纳税人，享受阶段性免税，那么这种情况下，工厂的增值税流转到批发商这一环节就无法再传递下去了，不能被下一环节抵扣了，链条中断。最终批发商享受了免税，但是实际上国家反而收了52的增值税，比39多了13，因为批发商定的含税价格没有因为免税而下降，所有，其真正享受到了免税的优惠，利润增加了13（26-13），而因此受到影响的自然是其下游，因为链条断裂，下游无进项税可抵，又没有降低采购的含税价格，自然就亏了。所以中间环节的免税，国家没有少收税，反而多收税了。比如，末端超市环节免税了，链条中断，上环节的26销项无法传递，超市无法抵扣，但是同时超市也享受免税政策，其这个环节的13增值税免了。这个时候国家是少收了13的增值税，超市享受了。这个时候免税让超市也有了一定的价格空间，是否让利给消费者就由市场决定了。
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