来了一份全外显子组基因检测报告(2022年3月某域提供),密密麻麻很多内容,怎么看呢?
Step1,直接进入核心内容——检测结果及解释,其中最重要的是下面三列: 变异分类非常重要,至少包括以下五种(不同实验室的阈值略有差异): 2、可能良性(LB):0.1%~5%的可能存在致病性;3、意义未明的变异(VUS):5%~90%的可能存在致病性;4、可疑致病性(LP):90%~99%的可能存在致病性;5、致病性(P):>99%的可能存在致病性; VUS是个广阔的灰区,还可进一步分为VUS偏致病性、偏良性等等。本例中变异分类为意义未明,就是不能准确判断该变异的致病性。 Step2,看突变基因的临床意义,检测公司已在附二中给我们相应的解释。不满意的话我们还可以自己检索数据库查询突变的临床意义,常用数据库包括但不限于: HGMD 数据库(https://www.hgmd./ac/introduction.php?lang=chinese)OMIM数据库(https://www.ncbi.nlm./omim/)ClinVar数据库(https://www.ncbi.nlm./clinvar/)三大数据库收录比较(数据截止2020年3月) Step3,综合判断患者临床情况(发病年龄、临床表现、遗传方式等)能不能用该变异解释,这一步有时非常困难。让我们多一点探究精神,看看分子水平发生了什么变化。再来看检测结果及解释,中间三列告诉了我们详尽的分子信息,包括:1、染色体位置:即变异在染色体的位置,本例ACTN4基因的点突变就在19号染色体(chr19)的第39214722位碱基。2、位置:即变异在基因的位置,本例ACTN4基因的点突变位于14号内含子。注:为什么外显子测序能得到内含子的结果呢,那是因为所谓外显子测序不是百分之百测外显子,也会涵盖外显子旁边内含子的部分序列。3、发生了什么突变:以HGVS表达式描述,后面详述。
1、参考转录本:NM开头的一长串是RefSeq号,即ACTN4基因在RefSeq数据库里的ID号,一般可以不看。 2、DNA水平改变:c.指代编码DNA(由外显子组成),1692+5描述位置,G>A描述突变情况;3、蛋白水平改变:p.指代蛋白质,后面描述发生的变化。
我们再来看下更详细的规则。 碱基位置描述:外显子的碱基以c.N(N为正数)表示,内含子则以邻近的外显子为参考系,如下图中c.36+10为外显子1最后一个碱基(c.36)下游第10个碱基。反之,c.37-10为外显子2第一个碱基(c.37)上游第10个碱基。 详见——https://www./mutnomen/recs-DNA.html 详见——https://www.hgvs.org/mutnomen/recs-DNA.html 详见——https://www./mutnomen/recs-prot.html*:终止密码子;fs:移码突变再回头来看本例WT1基因发生的改变,其中一条等位基因(杂合)发生了错义突变 c.1225A>C:编码区1225位碱基由A变成了C,该突变位于7号外显子。 p.Lys409Gln:肽链第409位残基由Lys变成Gln。
其致病性意义未明。
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