孙思邈对妇女疾病医疗极为重视。在他的《千金要方》30卷中，妇女方占3卷，在《千金翼方》30卷中，妇人方占4卷。他认为，男女的病是不同的，因为妇女有妊娠、生产和经带这些特殊情况，而男子确是不同的。
所以，妇女与男子用药也不同，而且妇女的疾病比男子的疾病难治十倍……女人的嗜欲比男人多，感染疾病的机会也就更多，加上根深蒂固的慈恋、嫉妒、爱憎、忧愤这些情绪，形成疾病的病根更深，所以较难治愈。
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云梧绘《孙思邈》
孙思邈对妇女的月经、妊娠、养胎、饮食、产后护理、禁忌等都有深入的研究，他的妇科医术也很高明。他指出，女性在怀孕和产后都应当小心谨慎，因为那些危及生命的病症，常在此时侵入人体。
女性生产以后，五脏十分虚弱，一定要适度地进补。若此时产妇有病，忌用药性猛烈的泻药。因为使用药性猛烈的泻药，只会虚上加虚，导致五脏更加虚弱，而且可能加重病情。
所以，妇女产后百日，一定要对其关爱有加，避免忧郁恐惧和房事。如果这段时间得病，就算付以重金，遍求良医，所落下的病也很难根治。
孙思邈对妇产科的病疾，如妊娠、孕妇卫生、孕妇禁忌等都有详实的论述。指出妇女不孕，要从男女双方找原因，不能简单地把责任都推到妇女身上。
孙思邈（李家兴国画作品）
这在讲究男尊女卑、无后为大的封建社会，对于提高妇女的尊严与家庭地位，解除妇女不孕的不白之冤，具有积极意义。孙思邈提出，若与男女都有关系，男女双方都要医治。
孙思邈对于妊娠，月经不调，赤白带下，崩漏，养胎禁食，临产注意，产后护理等都有深入研究。指出妇女在受胎后要节制嗜欲，调和性情，避免受到惊扰等。临产时，要情绪安定，不要紧张，切忌惊忧。
接生者旁人不要惊慌失措，不要面露忧容，以避免引起难产或者别的疾患。
他还记述了许多妇科病的临床症状，其中，“妇人崩中漏下，赤白青黑，腐臭不可近，令人面黑无颜色，皮骨相连，月经失度，往来无常……”这些记述类似于今天的女性生殖系统恶生肿瘤晚期临床症状。他对难产的处理方法、对胎前产后的合并症检查和处理方法等方面也有很大贡献。
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孙思邈对儿科方面也有很大贡献。他在《千金要方》中，婴孺方占1卷。在《千金翼方》中，小儿方占1卷。关于儿科的用方有320多个。他指出：“人都是由小到大，没有小孩，就不会有大人。没有妇女，也不会有小孩。” 他对小儿病的预防、急救、护理等有深入研究，小儿病与大人的病也是不同的。大人的病与小儿病的差异在于用药的多少。
孙思邈把儿科分为初生、惊痛、客忤、伤寒、咳嗽、杂病等9门，为儿科单独成科和发展奠定了基础。
孙思邈对胎儿在妊娠期的发育过程作了详细的描述。他提出，对于初生婴儿，要用棉花擦口中污物。若初生婴儿不会哭，可用温水洗澡，或用葱白轻打婴儿身体，或用嘴对婴儿嘴吹气使其哭出声来，以免窒息。婴儿生下来要先洗，然后才能断脐带。反之，如果先断脐带后洗身，会脐中进水，引起腹痛。
他对婴儿发育的时间关系观察正确。指出：小孩出生后32天，会出现第一个生理变化：情智变化，发其聪明。伴有脉乱，发热、出汗等现象，不属于病症，64天第二变，变会伴随着生理变化“蒸”：蒸其血脉，长其百骸。伴有脉乱、发热、出汗等现象，也属正常。
发育正常的婴儿，在出生60天后，长成瞳子，便能笑着与人应和；100天后长成任脉，能自己翻身；180天后长成骶骨，便能独坐；210天后长成掌骨，便能匍匐爬行；300天后长成膑骨，便能站立；360天后长成膝骨，便能走动了。如果未准时出现，说明孩子的身体发育不完全。
孙思邈对幼儿的护理也有研究。认为幼儿的衣服要常换，不可过厚。要经常抱到室外晒太阳，呼吸新鲜空气。把幼儿整天藏在帐子里，身穿厚衣服，害怕受凉，不敢让幼儿见风日，幼儿就像阴地里的花草，必然很弱。
孙思邈对选择乳母提出了要求和标准：哺乳婴儿，应当慎于喜怒。适合做乳母的特征有很多，不能求全求备，没有狐臭，癣瘙，潘唇，癫头，瘿瘘，咳嗽，耳聋，疠疡，鼻邕，癫痢等病的妇女，都可以哺育婴儿。
对小儿喂食也有要求：小儿喂食过早，肠胃不胜谷气，头脸身体易生疮，疮好后还易复发，会滋生百病，使小儿瘦弱难养。如果喂给小儿食物是出生之十天后，可使小儿不生病，喂食也不宜多，不要强行喂他。如果小儿不嗜食，强喂不消化，反而生疾病。喂奶不进的小儿，腹中部有痰癖，应该节制喂奶的量，同时用四物紫丸来治疗，几天后可自然病愈。
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他指出给小儿喂奶的方法：首先不要太饱，否则会使其呕吐，补救方法可用空乳房来喂他，一天四次即可，肚脐未愈时喂奶，不要喂得太饱，否则容易中脐风。
母亲给小儿喂奶也有要求：母亲有热痰不要喂奶，否则会使小儿不能进食，面黄，母亲发怒时不要喂奶，容易使小儿受惊发疝气，甚至气逆癫狂。母亲刚呕吐下痢后不要喂奶，这样会使小儿消瘦虚弱；酒醉不要喂奶，会造成小儿腹满身热。
喂奶也有技巧：夏天要挤去热奶，防止小儿呕逆，冬天挤去寒乳，避免小儿咳嗽下痢。喂奶时为避免小儿受哽，乳母应先尽量揉搓，让乳房热气先散去，防止乳汁涌出，而且喂一会儿应夺去乳头，等他气息平定以后再喂，根据小儿饥饱的节度，反复十次五次，也可固定一天中喂奶的次数，形成规律。
他强调，晚上给小儿喂奶，如果小儿是卧着，乳母应让乳头与小儿头部齐平，用手臂枕着小儿喂奶。如果乳母想睡觉应夺去乳头，防止乳房堵住小儿口鼻。
最后这一点非常重要，有的母亲一边睡觉一边给小儿喂奶，结果小儿的口鼻被堵住，小儿窒息而死。
孙思邈在《千金要方》中记述了多种小儿病患的临床症状，这有助于小儿疾病确诊。他指出，鹅口疮的症状是：“小儿舌上有白屑如米，重者鼻中亦有之”；小儿腹泻：“夏月，乳儿受凉，便下如水，面青肉冷，目陷干呕”；小儿顿咳：“小儿嗽，日中差，夜甚咳，不得息……吐乳，呕逆暴嗽，昼夜不得息。”小儿急惊先期症状，《千金要方》列出20条之多。
孙思邈认为，妇女和小儿的病，应当单独成科。着为后来的妇女和小儿独立成科奠定了理论基础，对祖国医学事业发展做出了重大贡献。
