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Kynurenine Pathway Library (含12,300种化合物) KynureninePathway (犬尿氨酸途径, KP)是色氨酸代谢的主要途径，参与多个病理、生理过程。研究发现阿尔茨海默病、帕金森氏症等多种神经退行性疾病中的 KP 代谢产物水平有明显变化。KP 作为防治神经退行性疾病的治疗靶点已引起人们的广泛关注。Kynurenine Pathway Library 是通过分子对接、药效团模型匹配等精心挑选的化合物库，库中化合物靶向犬尿氨酸代谢关键酶：indoleamine dioxygenase (IDO)、tryptophandioxygenase (TDO)、3-hydroxyanthranilic acid dioxygenase(3-HAO)等。 
Fig 1. IDO1 活性位点示意图：左上为 2D0T (PDB ID)，左下为 4PK5 (PDB ID)， 右图为用于分子对接的 Pocket-A、Pocket-B。Protein Mimetics Library (含8,960种化合物) 针对蛋白质相互作用 (PPI)的药物设计为疾病治疗提供了广泛的平台和新的思路，是近年来药物发现研究的热点和重点。PPI 小分子抑制剂设计的关键点在于使小分子具有底物蛋白相互作用的特征，如模拟蛋白质二级结构：α-螺旋、β-折叠和 β-转角。研究发现大多数 PPI 作用都由被称为 ”hot spot” 的热点残基形成。以热点残基为起点来进行配体发现是 PPI 抑制剂设计中最为常用和有效的方法。通过分析热点残基、使用 ”three residue”等方法，Protein Mimetics Library 精选了可模仿常见蛋白基序的化合物。
Fig 2. Protein Mimetics Library 中化合物举例：α-螺旋 (上)、β-转角 (下)模拟物。RNA Library (含9,070种化合物) 作为生命体“中心法则”的枢纽，RNA 不仅是基因表达的调控因子，而且具有调节蛋白质合成的能力。RNA 的调节异常会引发各种不同的人类疾病。以 RNA 为靶点进行药物设计越来越引起人们的关注，在肿瘤治疗和病毒控制等疾病中显示出了诱人的应用前景。RNA Library 通过药效团匹配、结构相似性搜索等方法精选了与能 RNA 二级结构产生相互作用的化合物。
Fig 3. RNA Library 中化合物举例 Tubulin Library (含3,454种化合物) 微管 (tubulin)是真核细胞中普遍存在且独有的管状细胞器结构，是细胞骨架的重要组成部分，在有丝分裂过程中起重要作用。抗微管类药物是一类以细胞微管蛋白为作用靶点的药物，通过抑制细胞的有丝分裂过程而产生抗肿瘤活性。Tubulin Librarys 是通过分子对接、2D 相似性和拓扑类似物搜索、使用分子和结构过滤器等精选的 3,454 种靶向微管蛋白的化合物库。以上化合物库可以整库用于高通量实验筛选；也可以在 MCE 虚拟筛选后，选择部分高分化合物组库进行实验验证。
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