元谋系傣语。“元”意为“飞跃”、“交配”，“谋”意为马，即俊马之意。“汉时居民以家马牧于山下，而元马之神自河出与之交产骏驹，居民神之。遂其为之立祠。“此地“灵泽所钟，常产好马，故命地为马”。县城北有元马河。“元谋”与“元马”意同。 先秦为古滇国地。西汉属益州郡，东汉属益州益州郡。三国蜀汉属益州云南郡。西晋属宁州云南郡。东晋至南朝梁属宁州。北朝周属南宁州。隋属南宁州总管府。唐武德七年（624年）置西豫州。贞观三年（629年）改为靡州，领磨豫、七部二县。初为都督府，督靡州、望州（在今楚雄、广通）、移罗州（在今禄丰县北）三州。此外，大小勃弄、蜻蛉、弄栋等地亦当属统辖。麟德元年（664年）置姚州都督府后，靡州都督府失去存在的意义因而省裁。唐南诏国时期，元谋地属弄栋节度。宋大理国，元谋地为“华竹部，又名环州”，隶威楚府。元至元二十六年（1289年），元谋土酋广哀于金马山归附，改华竹部为元谋县，治五甸，隶武定路军民府和曲州。明为元谋县，隶武定府（洪武至万历年间为武定军民府）。清初沿明制，为元谋县，属武定军民府。雍正八年（1730年），武定军民府隶迤东道。乾隆三十年（1765年）改武定军民府为武定府。乾隆三十一年（1766年），武定府改属云武粮储道。乾隆三十五年（1770年），武定府改为直隶州，仍属云武粮储道。乾隆四十六年（1781年）元谋县改六哨为六乡，即清溪乡、南号乡、乌山乡、猛令乡、太平乡、常山乡，以代替原设置的行政机构“五马”（白木禾马、嗽其古马、月法东马、阿纳勒马、普文马）。光绪四年（1878），元谋县署迁于马街。 民国初年为元谋县，属滇中道；民国十八年（1929年），废滇中道，直属于省。民国二十七年（1938年）元谋县撤销区的建制，设11个乡，下辖73保、701甲。民国二十九年（1940年），马街由华竹乡中划出，建立元马镇。民国三十一年（1942年），元谋县将10个乡并为5个乡，华竹乡与元马镇合并，称元马镇。乡镇下辖36个保，504个甲。民国三十五年（1946年），元谋县属第八行政督察区（驻姚安县）。 1950年1月19日，元谋解放，2月1日成立元谋县临时人民政府；5月18日，建立元谋县人民政府，属武定专区；1953年，撤销武定专区，元谋县划归楚雄专区。1955年11月，武定县江边区的3个乡、环州区的2个乡，并归元谋。1956年12月，大姚县的新华、大河边乡划归元谋。1957年10月18日，设置楚雄彝族自治州，元谋县属楚雄州。1958年10月，元谋并入武定县。1959年11月，元谋由武定县分出，恢复县级建制。1966年10月30日，武定县羊街区的七个公社划归元谋县。元谋是人类发祥地，古生物、古人类、古文化遗迹十分丰富。主要景点有云南"三林"之一的土林奇观、日灿金沙、虎跳滩、西河筏舟的龙川江、红军长征渡、丝绸之路、滇川必经之地姜驿古驿道、姜驿恐龙化石、凉山活佛寺、法林寺、苴林中山寺、羊街青龙寺及具有一定规模的"大菜园、大果园、大花园"等一批自然景点、景观。物茂土林，国家AAA级旅游景区，位于元谋县物茂乡罗兴村委会，距县城36公里，又称虎跳滩土林，总面积8平方公里，所在地海拔为1050-1200米之间，发育于一套河流相间砾石层、沙层夹粘土层的地层中。主要由一条主沙箐和34条幽谷组成，分为4个片区，有主景点9个，小景点127个。明崇祯十一年(1638年)十二月，中国著名旅行家、地理学家徐霞客游至云南元谋时，记述了土林的景色:"涉枯涧，乃蹑坡上。其坡突石，皆金沙烨烨，如云母堆叠，而黄映有光。时日色渐开，蹑其上，如身在祥云金栗中也。"二十世纪六十年代以来，物茂土林的地质地貌，让众多的国内外地质、文物、考古工作者纷至沓来。
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