老规矩,先叨叨两句,第一次写合成生物学这个大热门,很忐忑。这玩意包含的内涵之广泛、之复杂、之多元远超预期,所以只能借梳理Ginkgo的机会略微涉及一点点,如果有错漏欢迎各位股东大佬拍砖,感激不尽。 另外上一篇说过,咱们这个大项目Phase I的milestone(特么怎么听起来像临床试验)已经达成了,也就是关注人数。恰好那个幸运儿是Lisy小姐姐(应该是),请与后台取得联系,小小纪念品奉上。这个永久有效,啥时候私信我啥时候算。 没关注的赶紧关注哈,咱们这个大项目的股东还是缺人。对了,如果不打上星标,那么推送各位股东很可能看不见,那不就错过了咱这大项目了么,点上点上。 最后,感谢打赏的各位股东,一分也是爱,十分那就是真爱了,么么哒~ 2022年,作为生物行业从业的你,如果不谈点合成生物学(Synthetic Biology)那绝对会被看成前浪(渣渣),而谈论合成生物学不谈论Ginkgo Bioworks就像西方失去了耶路撒冷。 而咱们公众号的股东们,都是占在前浪尖尖上的顶尖人,我绝对不允许各位股东落下这一课,那么今天,咱们就来谈谈Ginkgo Bioworkds。 ![]() 缘起 ![]() 2003年左右,Dr. Tom Knight对生物产生了浓厚的兴趣。作为在MIT做计算机和人工智能研究的高级“码农”,Knight博士觉得靠普通的转染质粒来表达想要的蛋白就像是古代农民种地,效率不够高不说能够表达的蛋白,或者说能够让菌株生产想要的东西有点困难,不够自动化。 于是,他开始利用自己的计算机思维,提出了BioBrick的质粒DNA设计概念,构建了BioBricks文库来简化大肠杆菌的工程化改造。这个理念也被应用到iGEM((International Genetically Engineered Machine,合成生物学国际顶级赛事)当中,也因此Knight也被经常称为合成生物学的“教父”,不过在Ginkgo,他被称为DNA黑客(DNA Hacker)。 2008年,Jason Kelly、Reshma Shetty、Barry Canton、Austin Che和Tom Knight联合创立了Ginkgo Bioworks,Knight正是他们的教授(大部分)。 这里插播一条八卦,Reshma Shetty和Barry Canton俩人竟然是夫妻,貌似还是在成立Ginkgo之后不久。咱也不知道,这合不合规矩。 时至今日,Jason Kelly已经是身家亿万,仍然很谦虚的声称Knight是“大宝贝”,仍然能从他身上获益良多。看看,咱以后别跟导师拍桌子了哈,好好干。 ![]() Ginkgo的合成生物学 ![]() 其实合成生物学的定义目前尚存在一定的争议,但是有一点可以肯定,那就是现代意义上的合成生物学与传统的基因工程改造菌株发酵生产存在很大的不同。以鄙人不成熟的见解,合成生物学更像是把细胞看成一台生物计算机,通过使用DNA序列进行编码输入,以期改变或者新生成计算机运算结果(代谢产物)。而原先的基因工程改造更简单粗暴一些(类比,其实很精细),只是把本应在苹果树上的枝条嫁接到了桃子树上,结果使得桃子树长出了苹果。 稍微专业点来说(个人认为),合成生物学就是利用了目前人类对于生物底层运行逻辑的理解,使用先进技术实现对生物体运行代码的读、写、改,并通过对运行代码重编程达到工程化生物合成的目的。 那么,如果这样狭义的定义合成生物学,Ginkgo确实是围绕这个中心思想进行了公司的平台设计,如此该公司就能够对生物的DNA进行设计、写入和debug(纠错)。 Ginkgo将自己的平台按照干湿分离的原则进行了划分,也就是wet lab的Foundries和dry lab的Codebase。 Foundry铸造厂(有点中二),实现了合成生物学的核心:底层代码的读、写、改。其实还加了一条,那就是测试debug。 DNA合成完成代码编写后通过基因工程学技术转入菌株并进行测序确认准确性,然后通过发酵工程进行测试,发现问题后通过基因碱基技术进行代码修改。而这一切,大部分都通过软件和自动化进行控制,能够并行进行,极大的节约了时间。 Codebase代码基地,有点像Ginkgo的大脑,Codebase通过拉取公共数据库的基因序列,识别代谢图谱以便使用恰当的合成路径来生产想要的产物,并且这个大脑能够测试和重新设计生物合成的所需的酶。 Foundry和Codebase的这种链接也产生了海量的数据,利用机器学习,能够发现其中可能蕴含在海量数据之下的某种规律,这使得Ginkgo能够自我进化。 看起来很诱人是不是? Ginkgo也确实在高速的增长,其运转和测试工作以每年3倍左右的速度急速增长。 ![]() 非标准上市 ![]() 2021年5月,Ginkgo宣布将通过与SPAC公司SRNG合并,完成上市。 所谓SPAC(special purpose acquisition company,特殊目的上市公司),简单的说是一个壳公司,跟一般的壳公司不同的是它完全是为了跟其他公司合并而提前进行的上市,甚至合并的目标都有可能还没有,它就先上市了再去找。 2021年9月18日(这倒霉日子),股价最高触及15.864美元,市值一度突破250亿美元,也算是对得起它的代码:DNA。 当然,现实世界总是能给我们不一样的惊喜,就在Ginkgo员工和家属都沉浸在上市成功的喜悦中的时候,一份报告打破了这个和谐的画面。 那就是下一篇的故事了,要是有人点赞,咱们下篇就聊。点点关注,不许忘了哈。 单细胞相关文章: 测序仪相关文章:
杂谈类
|
|