（一）基本方法
一是可通过查阅资料、查看现场、交流问询等发现问题后，查阅 《清单》进行问题确认，选择相应的问题描述、法规标准和责任主体，形成稽察成果；二是在了解项目的基本情况后，针对性选取 《清单》中对应工程类型、类别和相关条目查找问题，形成稽察成果。两种方法也可结合使用。
（二）问题认定
1.问题描述
由于水利工程类型繁多，建设管理模式多样、情况复杂， 《清单》中的 “问题描述”不能覆盖稽察可能发现的所有问题和表现情况，较为宏观概括 （为引导性）。所以，现场稽察时稽察人员应根据发现问题的实际情况和具体内容形成问题描述，不可照抄照搬，同时还应满足公文质量基本要求。
2.法规标准
《清单》中列出的法规标准，是按照其法律地位和有效程度所确定。部分条目所列法规标准条目较多，实际使用时，稽察人员应按照稽察发现问题的实际情况针对性的准确选择，一般每个问题选择1至2项法规标准即可。
同时，要注意发现问题选用法规标准的时效性，保证选用的法规标准时效应与问题发生的时段吻合，既不能用新法规查老问题，也不能用老法规查新问题。
3.严重程度
分为 “严重” “较重”和 “一般”三个类别。根据工程类型和规模、建设进度、问题可能造成的影响和后果等，问题性质可由稽察组结合现场实际情况提出建议，报经稽察实施机构、组织机构和有关业务部门审定。问题性质可参考以下原则认定：
（1）根据问题可能产生的影响程度、潜在风险等认定。可能对主体工程的质量、安全、进度或投资规模等产生较大影响的问题认定为 “严重”，产生较小影响的认定为 “较重”或 “一般”。
（2）根据工程等别和建筑物级别等认定。属于大中型工程 （Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ）的认定为 “严重”或 “较重”，属于小型工程 （Ⅳ、Ⅴ）的认定为 “较重”或 “一般”。
（3）结合问题发生所处的工程部位认定。发生在关键部位及重要隐蔽工程的认定为 “严重”或 “较重”，发生在一般部位的认定为 “较重”或 “一般”。
（4）根据工作深度认定。如某项管理制度未建立、未编制等认定为 “较重”，制度不健全、内容不完整、缺少针对性等认定为 “一般”。
（5）在回头看时，稽察组发现该项目存在同类问题再次发生，但责任主体与上次稽察时不同的，列入新发现问题并在严重程度上加重一级处理。
4.责任主体
稽察时应结合问题发生原因及有关单位尽职履责情况确定责任主体，如有关单位已按要求尽职履责，则免除该单位责任；如需新增 《清单》中未提及的责任主体，则应由稽察组结合现场实际情况提出建议，报经稽察实施机构、组织机构和有关业务部门审定。
