任何疑问、批评、指导，请毫不犹豫地私信作者！ ACGS质量小组委员会于2024年2月20日批准了最新版本v1.2，对CNV和SNV的致病性判读标准进行了补充和说明。 同时，也很多刚学习这块内容的同学会私信询问作者，现整理出相关内容，仅供参考学习，建议阅读原文。
总体说明 1. 在使用CNV分类评分标准[包括拷贝数缺失分类评分标准(以下简称缺失标准)，拷贝数重复分类评分标准(以下简称重复标准)]时，假定CNV已达到实验室报告的大小阈值和质量阈值。 2. 评分标准主要为了评估涉及孟德尔显性遗传疾病相关的基因或基因组区域的CNV，通常这些CNV是单拷贝的缺失或重复(拷贝数为1或3)。在评估时，需要使用与其类型相同的证据类型。 虽然CNV分类评分标准的制定并不是为了独立应用于X连锁基因/区域或那些外显不全和/或可变临床表型相关的基因，但是目前仍可使用。 ACGS对第2部分进行修改，以便纳入功能丧失是已确定的疾病机制的常染色体隐性基因。 3. 对其他拷贝数的评估：评分标准也可用于评估其他拷贝数类型，如纯合缺失(拷贝数为0)或多拷贝重复(拷贝数为4)。在评估时，需要使用与其类型相同或相似的证据。例如：使用重复标准对4拷贝重复进行评估，主要使用4拷贝重复相关的证据，但3 拷贝重复的证据也可纳入评价。对于纯合缺失，患者可能导致更严重的常染色体显性疾病(纯合缺失非致死性)或常染色体隐性疾病。 4. 对于复杂重排，如非平衡易位既有缺失又有重复，应先单独评估每个 CNV，例如使用缺失标准评估缺失片段，使用重复标准评估重复片段。整体评 估应使用最严重的分类。例如当缺失归类为致病性，重复归类为临床意义未明，则整体最终归类为致病性。 5. 位于X染色体的CNV：虽然X染色体在女性和男性中的拷贝数不一致， 但评分标准仍可用于评估X染色体上的缺失和重复。大多数情况下，男性为X连锁疾病患者，而女性则为无症状携带者；但有些X连锁疾病，女性为患者(由于男性致死)或临床症状表现严重程度不同的女性携带者[由于X染色体失活偏倚和(或)其他因素]。在评估X染色体上的CNV时，应基于现有证据进行分类，而不考虑性别因素，但应当在报告中注明患者或携带者状态。涉及X连锁隐性遗传疾病基因的女性X染色体上的缺失分类，应基于该缺失在男性中的评估。 6. CNV的评级在不同个体间应当保持一致性，而不因年龄、性别、表型等因素进行改变。 7. 当评分≥0.99或≤-0.99时，CNV就可以分类为致病或良性。但应当充分考虑评分标准的其他部分，尤其是文献评估部分，以明确是否有其他相关临床信息需要报告。例如， 一个涉及多基因缺失的CNV，其中一个基因是明确的单倍剂量不足敏感(HI)基因，就可分类为致病性。若有文献提示该区段内的其他基因可能有与之相关的表型，那么该CNV的致病性分类不变，但应在报告中描述其他基因相关的表型，以便于临床诊疗。 评分标准说明 第一部分 基因组含量的初步评估使用“利用染色体组分资源建立的人类基因组变异和表型数据库”(DatabasE of genomiC varIation and Phenotype in Humans using Ensembl Resources, DECIPHER)查询，并勾选“protein-coding ”选项。
1A：包含蛋白质编码基因或其他已知的有重要功能的元件。除蛋白编码基因外，还需考虑可能存在的重要功能元件(如启动子、增强子、编码序列附近其他调控区域)与临床的相关性，及其对基因表达的影响。比如，在基因附近~1Mb范围内的上游或下游侧翼序列的CNV，与高度特异性的表型相关，该表型也在患者身上发生，然后进行文献检索，确定该区域是否包含该基因的重要功能元件(如SHH、SOX、HOX、FOX基因家族等基因的~1Mb范围内的CNVs)。例如，位于SHOX基因下游160 kb的增强子、影响SHH基因极化活性调控序列(ZRS)区域等。如有证据，可根据文献证据的强度和专业判读，判定CNV为可能致病(0.90)。 1B：不包含蛋白质编码基因或任何已知的有重要功能的元件。不包含任何基因的CNV，如内含子序列、重复元件或假基因，由于未包含基因，该基因组区域可能没有任何证据可供查询。在没有证据支持或反对致病性的情况下，CNV分类应为不明确。CNV断裂位点由于探针或覆盖范围间隙而无法精确定 位。在假设CNV为良性之前，考虑CNV的最大范围内的所有基因尤为重要(报告通常仅考虑最小的CNV范围)。除CNV片段超过实验室报告大小阈值外，由于未查询到相关文献证据，实验室可不报告此类CNV。 如果CNV的最小和最大间隔是内含子，但该基因与高度特异性的表型相关，该表型也在患者身上发生，并且有文献证据表明内含子是重要的，那么继续进行下一步评估。 第二部分 与明确HI/TS区域重叠，使用ClinGen基因剂量敏感性数据库查询。 如果本部分的评分≥0.99分(致病)，则不需要进行后续部分评分。
单倍剂量不足(haploinsufficient, HI)：一个等位基因突变或者缺失，另一个等位基因能正常表达，但这只有正常水平50%的蛋白质不足以维持细胞正常的生理功能，然后出现特定表型。 三倍剂量敏感(triplosensitive, TS)：包含三倍剂量敏感的基因或基因的一部分而致病。 使用第二部分评分标准时，需注意： 1）一些基因可能只被报道过LoF序列变异。因此，整个基因缺失预期可能会产生与LoF序列变异一样的效应。 2）在ClinGen基因剂量敏感性数据库查询时，要注意最后一次评估的日期。因为，后续可能会出现新的证据来支持或反驳当时的评估结果。 3）ClinGen基因剂量敏感性评分为2或Gene2Phenotype(G2P)数据库提示基因与表型的关系为“中度”和“缺乏基因产物”，这类基因可能会有足够的现有证据达到至少可能致病的分类，但仍需要对证据和指南的应用进行仔细审查。 4）当选择性转录本是MANE Plus Clinical子集里面的或被认为是生物学上最相关的表达转录本，在上调或下调分值时，才考虑使用MANE Select的选择性转录本。 已明确的良性基因/区域，有以下特征: 1）ClinGen基因剂量敏感性评分为40； 2）频率＞1%(在自建平台或DGV gold standard dataset或gnomAD v4.0 SV dataset)。 不同类型CNV适用的指南(CNV或SNV)不同
2A (1分)：如果待评估的CNV完全覆盖明确HI/TS致病基因或关键区域，推荐得分(points, Pts)为1.00，为致病性CNV。可以不要求进一步收集证据；然而，仍然需要研究CNV的临床意义、CNV与患者表型/管理的关联性。
2B (0分)：如果待评估的CNV与明确HI/TS区域部分重叠，则需要明确是否包含其致病基因或关键区域(需注意ClinGen基因剂量敏感性数据库中有些区域给出的基因是位置标记基因而非关键剂量敏感基因)。
2H：(重复标准, 0分), HI基因的完整重复不应被认为(should not be presumed to be)是致病性的，除非与重复剂量敏感性疾病相关。例如PMP22基因缺失引起遗传性压力易感性周围神经病；重复引起脱髓鞘型腓骨肌萎缩症。 2C、2D评分标准 下面部分的评分标准需要考虑三个方面 1）breakpoint location； 2）involvement of coding sequence； 3）evidence from the literature。
2C：如果涉及基因的5’端，必须考虑缺失是否包含了编码序列(2C-1)，或仅限于基因的5’非翻译区域(untranslated region, UTR；2C-2)。 2C-1 (推荐0.9, 范围0.45~1.00)：一般来说，这样的缺失会导致基因转录起始点的丢失，从而使得基因产物缺失，引起HI。 功能丧失(loss of function, LoF)基因的5’UTR外显子、第一编码外显子、基因内外显子的缺失通常(typically)是有害的。 缺失后，要考虑，其下游是否存在框内可替代的ATG(起始密码子)来“挽救”前面的起始密码子缺失。在缺失下游，可存在其他已知的转录本/可变剪接体，仍有产生功能性蛋白的可能性，此时应考虑下调分值(下调至0.45)。 如果该基因的大部分编码序列缺失，或已知重要的功能结构域缺失，可考虑上调分值(上调至1.00)。 2C-2 (推荐0, 范围0~0.45)：当仅涉及5’UTR时，推荐得分为0。 如果缺失仅包含基因的5’UTR，但缺失片段包含了明确的启动子，可考虑上调分值(上调至0.45)。 如果有文献证据表明，该基因的5’UTR变异、缺失，或其上游非编码序列缺失(比如启动子缺失)会导致LoF，引起HI(疾病)，那么可上调分值(上调至0.45)。
2D：如果缺失范围与基因的3’末端重叠，必须考虑基因的蛋白质产物是否会发生无义介导的mRNA降解(nonsense mediated decay, NMD)。 2D-1 (推荐0)：如果仅涉及3’UTR，一般不会导致LoF，推荐得分为0。 2D-2 (推荐0.9, 范围0.45~1.00)：HI/LoF基因最后一个外显子的缺失不一定会引起NMD，通常不致病。因此，截短的蛋白也可能(或不能)有正常的功能。但如果有明确的文献证据表明最后一个外显子对蛋白质的功能是重要的(比如已经有文献报道或功能验证，有明确的致病变异位于该外显子)，则该缺失可能为致病。建议得分0.9 (范围0.45~0.9)。 如果仅有文献报道最后一个外显子上的致病变异，但尚未完全确定外显子对蛋白质的重要性，下调至0.45或0.60 (根据功能证据的可信程度)。 2D-3 (推荐0.3, 范围0~0.45)：无证据表明最后一个外显子对基因功能是重要的(没有任何文献报道致病变异位于该外显子)。 2D-4 (推荐0.9, 范围0.45~1.00)：缺失范围包括基因的3’端重叠，最后一个外显子、其他外显子，预测会发生NMD，推荐得分为0.90。 如有额外证据表明对蛋白质产生有害影响(例如预测大部分蛋白质缺失)，可上调分值至1.00。 2J 2K 2L (N/C端的基因重复)
重复范围涉及基因的5'或3'端，通常被认为是串联的、正向的(typically expected to be in tandem and in direct orientation)，不会导致疾病，因为基因的结构可能没有被破坏。 如果变异对基因造成影响，预计是HI/LoF效应；因此，应该评估部分基因重复是否产生HI/LoF效应，而不是TS。当然这类变异是罕见的，前提是该基因是已确定的HI/LoF疾病相关基因，患者的表型高度特异，与该基因功能丧失所致的表型高度一致。
2J (推荐0)：见上图。 2K (推荐0.45)：这个证据没有分值范围。患者没有特异性表型的话，这个证据很难使用到。如果重复被证实是串联的、正向的，那么这个证据就不能用。 2L (推荐0)：如果重复涉及的基因不是已确定的HI/LoF致病基因，则不加分，并继续下一步评估。当两个断裂点都在与疾病无关的基因内时也适用。 2E、2I评分标准 涉及HI/LoF基因内del/dup（两个断裂点在基因内） 1）适用于发生在第二个至倒数第二个外显子之间或基因开放阅读框(open reading frame)内的CNVs。 2）框外(out-frame)缺失预测会导致NMD，引起HI。框外(out-frame)重复可能会导致NMD。
3）框内缺失(in-frame)一般不会导致NMD，但需要注意，缺失的外显子对基因的正常功能是否必需。
内含子存在3n+0、3n+1以及3n+2三种相位(phase)类型。
如果CNV的断裂点两侧是相同的内含子相位，则CNV为框内； 若两侧不相同，则为框外。 另外一个简单的方法，将CNV区间内的编码的核苷酸的数量➗3，=整数的话，则为框内CNV。 2E(缺失标准)
对于单个基因内缺失，必须考虑： 1）缺失是否会破坏开放阅读框架； 2）是否会导致NMD； 3）缺失的外显子是否包含在生物相关的转录本中； 4）截短或改变的区域对蛋白质功能是否重要； 5）一般人群中缺失外显子的LOF变异发生的频率； 6）缺失导致截短蛋白质的大小。
2I(重复标准)
对于单个基因内重复，必须考虑： 1）重复是否是串联的； 2）是否会破坏开放阅读框； 3）预测是否会导致NMD。 单个基因的重复通常被认为是串联重复， 而不是插入或易位到基因组的其他位置。 包含末端编码外显子(第一个或最后一个外显子)的部分基因重复，通常不是有害的，因为基因的结构可以被保留。 断裂点完全位于基因内且不涉及末端外显子的重复可能是有害的，因为它们会破坏阅读框或影响剪接。 以上判断是基于以往研究做出的通用推断。若要排除一些特殊情况，最好的方式进一步实验验证，如DNA测序验证明确断裂点、mRNA测序明确RNA剪接是否受到影响，体内或体外细胞实验明确RNA/蛋白表达是否受到影响，明确是否发生NMD等。
如果无法获得使用PVS1流程图(PMID: 30192042)所必需的信息，则默认选 择影响最小的评估流程。 如果可获得使用PVS1流程图所必需的信息，由于CMA平台探针分布、间隔区间的局限性，为了更准确地确定基因内缺失或重复，建议对患者进行其他分子检测，以便更好地解释该片段。 举 例 例1，下图为框外缺失(2E)：PVS1 0.9 (results in NMD)
例2，下图为框内缺失(2E)：PVS1_Strong upgraded to 0.90 (deletes key domain)。
例4，下图为框外重复(假设是串联重复)：2I:PVS1_Strong 【upgraded to 0.90 (most likely in tandem and may result in NMD, similar CNVs in patients with HBOC)】
2F(缺失标准)与2C(重复标准)：待评估CNV完全处于明确良性CNV区域内，即在ClinGen基因剂量敏感性数据库中评分为40，说明不太可能为剂量敏感的区段。
2D(重复标准)：待评估CNV完全处于明确良性CNV区域内，且没有破坏区域内蛋白编码基因。 2F(重复标准)：待评估CNV与明确良性CNV区域重叠，且没有破坏其他的蛋白编码基因。 若待评估CNV与明确良性CNV重叠，但片段较大且包含其他疾病相关基因或重要功能元件(如附近HI基因的调控区域)，则不适用此标准，建议进一步评估，此项适用2G。 2H(缺失标准) ≥2个HI预测指标提示CNV内至少有一个基因是HI基因(建议得分0.15，最高得分0.15)。 HI预测的评估，这一证据的使用仅限于包含临床意义未明基因的缺失，不适用于已经明确的HI基因。 目前常用的两个HI预测指标是gnomAD数据库的pLI评分(或LOEUF评分)、DECIPHER数据库的pHaplo评分。 CNV覆盖的基因中，至少有一个基因，它的pLI评分≥0.9(且观察或理论置信区间上限<0.35)+pHaplo评分≥0.86。 此证据只能赋分一次，不可多次计算，即使在该区域有多个基因被预测为HI。
pHaplo (predicted Probability of Haploinsufficiency)单倍剂量不足预测概率，这一指标是基于950,278名个体的微阵列芯片数据。pHaplo评分经过145个基因的机器学习模型生成。与一般人群相比，预测在重度早发性疾病队列中，基因完全缺失的可能性。pHaplo评分≥0.86表明，基因缺失的效果与已知的蛋白截短变异造成基因的LoF效果相同(Karczewski et al 2020)。同样，pTriplo (predicted Probability of Triplosensitivity)评分用于基因三倍剂量预测，阈值为≥0.94。pLI(the probability of being loss‐of‐function intolerant, pLI)评分反映了某个基因对其变异引起功能丧失(loss-of-function)的耐受程度(tolerance)。变异类型是蛋白截短类型(Protein Truncating Variants, PTV) ，如移码突变、剪接体变异、剪接受体变异。pLI分值是一个把基因归类到Haploinsufficient 类别中的概率，分值越高，越不耐受(intolerant)；分值越低，越耐受(tolerant)。pLI阈值推荐0.9(范围0~1)。 LoF观察/期望上限评分(loss-of-function observed/expected upper bound fraction, LOEUF)旨在评价基因对功能丧失变异的不耐受。由于gnomAD v2.1.1和v4.0之间LOEUF分布的预期变化，现在建议将v4.0的LOEUF阈值设置为<0.6(而v2的LOEUF<0.35)，值越小越受限，即对LoF变异越不耐受。 pLI、LOEUF不要一起使用，用一个就行，因为都是基于gnomAD数据库的，只是呈现的方式不一样。 有时候会发现HI评分与pLI、LOEUF不一致。对于检测到LoF变异，如果在一个群体数据集中观察到的越少，表明该基因越不耐受。Karczewski等(2022)基于gnomAD v.2.1.1 数据库中的每个基因开发了LOEUF，比较了125,748例个体中观察到的LoF变异数量与预期的LoF数量。同样pLI评分也是基于gnomAD v.2.1.1 数据库的人群。因此，pLI、LOEUF的使用要考虑疾病的严重程度和发病年龄，晚发性疾病和/或疾病严重程度较轻的疾病可能是不适用的。 2H(重复标准)：包含HI基因/区段，继续后续评分。
第三部分
基因个数评估使用DECIPHER数据库查询， 并勾选“protein-coding”选项。 基因个数评估主要参考DECIPHER数据库中的编码蛋白质的基因数量。如果基因个数位于临界值，则进一步比较ClinGen 、RefSeq数据库的基因数，确保基因个数的准确性。
缺失区域基因数量的评分
重复区域基因数量的评分 使用该部分评估时，需谨慎评估包含基因簇或基因家族的CNV。 如果基因家族没有临床意义或者临床意义未知(如嗅觉受体基因家族)，可将每个家族计算为一个基因。 如果基因家族内的某个基因与临床意义相关，或明确与某疾病相关(有OMIM编号，如2q24.3区段的SCN基因簇)，此时，可将整个基因家族或基因簇视为单独的一个基因，去计算数量。 第四部分 此部分需综合衡量病例的CNV范围、遗传模式和病例表型信息，根据条款逐条评估。检索文献报道(Published Literature)，公共数据库(Public Databases, 如ClinGen、ClinVar、DECIPHER 等)、实验室内部数据库(Internal Laboratory Data)。 而这一部分往往是最难的，不同机构会给出不同结果。即使是同一个CNV，也可以被判定为VUS、LP或P。这个部分的评估也是最考验团队能力的部分。 进行此部分评估时，首先将CNV区域作为整体，查询合适的病例，然后对 CNV内的基因进行评估，比如剂量敏感评估分值未达到3的基因、 OMIM已知疾病morbid基因、 HI预测工具预测可能为剂量敏感的基因、其他OMIM 基因， 或其他相关文献的基因，优先考虑显性遗传病基因。 证据得分范围的上调和下调，需考虑多方因素。 对于文献、公共数据库中的病例，应当考虑疾病诊断的模式、临床数据的深度、表型特异性、遗传模式、是否存在其他的遗传或非遗传因素； 对于实验室内部数据库，应当考虑可能的偏倚来源，如抽样偏倚； 对表型非特异性或基因功能证据有限的CNV，通常不建议使用仅来自于模式动物系统的证据。 病例证据(Individual Case Evidence, 4A-4K)： 可用于评估的病例，应包含相似基因组内容的CNV病例。 对于缺失CNV，可以考虑携带片段内单个基因缺失或LoF变异的病例； 对于重复CNV，可以考虑携带片段内单个基因完全重复的病例。 待评估CNV ＜ 已知病例的CNV区域范围(比如包含多个其他基因，无法排除其影响)；同时检出其他CNV(无法排除其他片段的影响)的已知病例，均不能作为病例证据。 若已知病例中已经有另外一个与待评估CNV不相关的明确致病CNV，则提示待评估CNV在某些情况下更倾向于良性，需慎用。 对特异性/非特异性表型的判断问题： ①表型高度特异且为某基因/区域特有。某些情况下表型为某种疾病特有，可以确定疾病诊断，具有特异性高、病因明确且遗传异质性低的特点。例如，先天发育异常(如面中部发育缺陷、前脑无裂畸形等)：IRF6基因变异导致的Van der Woude综合征患者的下唇瘘表型；Gillespie综合征的固定瞳孔散大(fixed dilated pupils)表型；Beckwith-Wiedemann综合征引起的肾上腺皮质巨细胞症(adrenocortical cytomegaly)；或者存在其他特异的影像学特征、生化结果等。 ②表型高度特异但非某基因/区域特有，即表型在一般人群中仍然相对罕见，但并非为某个遗传病所特有。例如早发性癫痫性脑病可能与50多个基因相关；脑白质营养不良(leukodystrophy)；骨骼发育不良(skeletal dysplasias)；额骨骨嵴(metopic ridge)；CHARGE综合征相关的心脏缺陷同时伴有眼缺损、耳异常、后鼻孔缺损、生长迟缓、生殖器异常； ③表型非高度特异，存在异质性，可能受非遗传因素影响，可能与多种疾病相关。如发育迟缓、自闭症、智力障碍、癫痫等。 尽管功能研究(如体外或体内动物模型研究、生化或影像学分析等)可能支持已报道表型的特异性，可以决定使用哪一类证据；但不能用于提高某一特定类别的分值。 4A~4E 分析与待评估CNV相似的文献和数据库中的CNVs 4A~4C：新发变异 如果数据库中注释为新发变异，但其检测方法不明确，应视为假定新发变异。 待评估的CNV(或其范围内的基因变异)根据合适的类别(4A~4C)，为每个已报道的新发(或假定新发)变异病例赋分。 4A：已知(来源文献/数据库)病例具有高度特异性和相对唯一性表型(如具有特定疾病特异表型)，且与父母亲缘关系已被证实，CNV为新发的(比如做过trio-WES)，此时，该病例为最强的证据。明确新发的病例，0.45/个；假定新发的病例，0.30/个，总分最大值为0.90。 例如，A基因的变异通常与疾病B相关，但尚不清楚其单倍剂量不足是否为疾病B的致病机制；而待评估的缺失CNV包括了A基因。检索文献，发现已报道两例携带A基因的新发LoF变异，其表型特征与疾病B一致且高度特异(证据4A)，其中一例为明确的新发变异，评分0.45；另一例亲缘关系不明确，为假定新发变异，评分为0.30。根据以上信息，本部分获得0.75 (最高0.9)。 4B：已知(来源文献/数据库)病例具有高度特异性表型(但并非某基因/区域所特有)，与特定基因/区域导致的预期表型一致，此时，该病例为中等强度的证据。明确新发的病例，0.30/个；假定新发的病例，0.15/个，总分最大值为0.90。 4C：已知(来源文献/数据库)病例与特定基因/区域导致的预期表型一致，但不高度特异，且遗传异质性高(如智力障碍、自闭症谱系障碍等)，此时，该病例为支持性证据。明确新发的病例，0.15/个；假定新发的病例，0.10/个，总分最大值为0.90。 当待评估的基因临床意义未知时，且尚不清楚与该基因相关的预期表型。在此情况下，每个病例的表型一致性及相对特异性至关重要。由于没有“ 预期的” 表型可以进行比较，所以必须至少有两个具有相似表型的新发变异病例，才能 作为证据进行计算(即两个病例可视为一个证据/病例)。在此基础上，每增加一个表型一致的病例，就可以加分。 如果文献/数据库仅报道了一个新发变异的病例，且待评估的CNV也是新发的，其表型与已报告病例的表型一致。那么这两个病例可视为一个证据/病例。 根据其表型特异性和一致性，以及新发变异是否明确，在4A、4B、4C中选择一个证据类别进行赋分计算。在这种情况下，第5部分的评分就不重复使用。 例如， A基因的临床意义不明确，文献报道3例A基因缺失的明确新发变异，其表型均为发育迟缓(证据4C)，病例1和病例2合计得0.15，病例3得0.15，总0.30。 4D：报道表型与基因/区段缺失所致表型不一致 4D(默认0；范围0~-0.30)：对于新发病例(来源文献/数据库)，如果报告的表型与特定基因/区域导致的预期表型不一致，或只是总体不一致，则推荐0分。 应通过临床判断来确定是否有足够的证据表明不同病例之间的表型不一致，是否进行了适当的表型分析，病例是否具有可比性。如果找到足够的证据，可以打负分，-0.15/个，最低-0.30。 例如，文献报道2例A基因缺失的新发变异，1例是先天畸形的新生儿，1例是 7岁发育迟缓的患儿，虽然表型不一致，但没有明确相悖的证据，因为新生儿之后可能会表现为发育迟缓, 而发育迟缓的患儿未评估是否存在先天畸形，这种情况则赋予0分。 4E：遗传模式不明确 4E：当病例(来源文献/数据库)表型具有高度特异性，且与特定基因/区域导致的预期表型一致，而其遗传模式未知，对每个病例进行赋分，0.10/个，最高0.30。当病例表型为非特异性(例如发育迟缓、智力障碍、自闭症等)时，此类型的病例不适用。 4F~4K 评估文献和数据库中CNV的家系分离情况 在相同或相似表型的家庭成员中分离出同一个变异，那么可以为“这个变异是可能致病的”论点提供证据。在某些情况下，变异似乎不与异常表型分离，但并不意味着它不会引起疾病。 4F~4H：CNV指南对共分离采用保守的方法，共分离针对的是基因座(locus)，而不一定是特定的基因或变异。由于所使用的技术不同，断点的准确性存在差异，因此很难确定文献/数据库中报道的CNVs是否相同。
只有同时具有基因型和表型，或者根据家系关系确定为携带者的个体，才作为共分离证据进行计算。 共分离可在不同家系中累加，共分离次数计算需减去每个家系中的先证者(即先证者不被计算在内)。 共分离次数(# of segregations)= 阳性基因型/表型数(# of genotype/phenotype positive)–1 需注意，表型在个体间可能有不同的表现度，但仍是相同表型谱的一部分。例如，在不同个体中观察到的自闭症谱系障碍、智力障碍、 癫痫发作、精神分裂症可能是由相同的CNV引起，这些表型都属于大脑发育疾病谱的一部分。 该指南为避免“仅使用来自同一家系的共分离证据”，即可达到可能致病/致病的分类情况，将此证据分值设置为最高0.45。 然而，对于某些变异，如果出现大量共分离证据，可以考虑重新设置最大值。例如，具有明确基因-疾病关联的，经过充分研究的基因，以及许多无亲缘关系的家系共分离。 4I~4K：不符合共分离
4I：同一家庭中，另一名患者(其表型与其他患者一致且特异)未携带待评估CNV。 在考虑给予负分之前，必须考虑这种非共分离在生物学上是否有合理的解释，比如拟表型(环境影响表型)的存在，这种情况更有可能发生在普通人群中常见的疾病(例如乳腺癌)和/或已知有遗传和非遗传病因的疾病中(例如心肌病)。当家庭中具有相似的高度特异性表型(没有已知的拟表型)个体未携带相同的变异，则默认得分-0.45。当可能存在拟表型时，则考虑将这一证据降低至-0.15(支持性)。 4J/4K：同一家庭中，未患病个体携带待评估CNV，患病的家庭成员的表型特异性会影响分值。 需要注意，携带CNV的家庭成员是否真的不受影响。如果能找到合理的解释为什么表型可能不存在/不被观察到/不被报告(如已知的外显不全、与年龄相关的外显率、不易观察到的临床特征、不恰当的临床评估、表现度差异、印记基因、限性遗传、嵌合)，或者如果只是在文献/数据库中说明家庭成员不受影响，但没有提供其评估的细节，那么就不要给负分。 如果对家庭成员进行了临床表型分析或特定表型特征的检测(例如影像学检查或生化检测)，并且没有表型异常的证据，那么可以给负分。 真正患病个体可能不表现出临床症状，此时需仔细评估谨慎赋分。对于该证据类别，可为每个家庭单独赋分，直至获得该类别推荐的最大得分。 4J：当表型是明确的，特异性的。例如，遗传自无异常表型的父母。 4K：当表型是非特异。例如，遗传自无异常表型的父母。 4L-4O 病例-对照及人群数据(Case-Control or General Population Data) 如果CNV已作为功效良好的病例-对照研究的一部分，那么可根据临床人群中CNV的富集(或缺乏)进行加分或扣分。 病例-对照数据的解读应包括显著性(即p值)、效应量(如似然比)、临床信息(如表型特异性)。 这类CNV在病例组中出现的频率显著高于对照组(p≤0.05)，并且具有较强的效应量(优势比或似然比>5)、相对窄的95%置信区间(下限>1)。
4L：病例组的表型明确、一致、特异。 4M：病例组的表型不明确、不一致、不特异。 4N：病例组与对照组无差异。 4O：人群数据库(population databases)查询可使用DGV数据、gnomAD数据库(其中的结构变异数据库)。使用人群数据库时，应确保普通人群中的CNV与待评估CNV的基因 含量相同。DGV数据库是对多个研究进行整合，这些研究通常在不同平台进行，其质量也不相同。 DGV Gold 数据库是DGV数据库的子集，只包括来源于全基因组高分辨芯片，具有高精确断裂位点、符合数据质控标准的数据。因此， DGV Gold可以提供更准确的CNV发生频率估算以及人群分布信息。 在DGV Gold 数据库(或者其他高度可信的数据库)中的频率>1%，4O证据赋值-1.00；如果频率<1%，则适当降低分值。根据人群频率不同，4O证据的赋值不同，如下：
需注意，DGV Gold数据库中的频率CNV远远<待评估CNV(不包含关键基因)，则4O分值为0。 如果待评估CNV包含常染色体隐性遗传基因(该基因的致病机制为LoF)，尽管频率高，也不能使用此标准，不能将CNV归类为“ 良性” ，因为需要排除可能出现的“该基因缺失+该基因微小变异”所构成的复合杂合。 在一般人群中常见的变异可能位于已知的致病区段附近。例如，KANSL1基因变异导致Koolen-Devries综合征，但该基因5’端变异常见于一般人群中。此外，将CNV分类为良性之前，须考虑不完全外显、表现度差异、发病年龄、父母印记效应等因素。 第五部分 CNV的遗传模式和家族史
在“受累”与“未受累”家庭成员的背景下评估遗传方式时，需考虑表型的特异性，还应注意考虑的特殊情况，如外显不全、表现度差异、印记效应、限性遗传、父母嵌合等。 如果CNV被判定为致病，经家系分析提示遗传自未受累的父母，且已有文献报道CNV存在不完全外显，此时不应再使用本部分进行减分。 如果CNV遗传自未受累的嵌合体父母，或半合子CNV遗传自未受累的杂合子母亲，不应认为非共分离而减分。 5G/5H证据存在分值范围，但最好使用默认分值。 完结 |
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