【原】GAPIT3不再输出PVE结果了，那该怎么算？

大家好，我是邓飞。

星球里面有老师提问，GAPIT结果形式改变了：

以前的GAPIT结果：里面包含包含SNP的Rsquare和不包含SNP的Rsquare，两者相减就是表型解释百分比（PVE）。

新版的GAPIT结果，变化了：只有p.value，maf和effect

其实是可以手动计算的：

具体计算方法，可以参考GWAS Cookbook的12.3章节：MLM模型中计算PVE。

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