【原】质粒也能做分型？试试pMLST

前文介绍过细菌的分型工具MLST（2023培训第6讲 病原MLST/MLVA分型、毒力和耐药基因筛查（理论篇））

我们可以把MLST（多位点序列分型）比作细菌的“身份证”，同一起疫情的病原菌总是拥有相同的型别，因此利用MLST分型可以帮助疾控工作者去识别疫情的真正源头。

那么，只有细菌可以做MLST吗？

其实质粒也是可以的呢~

细菌中的质粒——那些小小的DNA环，像是细菌的“外挂”，让它们拥有额外的技能，比如抗药性、代谢能力，甚至是对环境变化的适应能力。就像拥有超能力的超级英雄，质粒使得细菌能够在竞争激烈的微生物世界中脱颖而出。

利用质粒MLST分型不仅为我们揭示了其彼此间的异同，也让我们更深入地了解了它们的分布特征和传播规律。

那么，具体我们该如何做呢？

类似于细菌的mlst采用几个或十几个基因作为分型的目标，质粒mlst也是采用了类似的策略。科学家们选用了几个质粒中常见的基因作为目标，通过其彼此间的异同，来划分质粒的mlst型别。型别一致，则预示着质粒间具有较相似的结构或相同的来源。

plasmid MLST目前已有在线生物信息工具可直接使用

https://cge.food./services/pMLST/

支持直接上传组装结果后，获得质粒型别。

当然，我们也可以本地安装使用（这里的本地指的是linux服务器，因此需要一点点的命令行操作经验）

源码和相关文档介绍见

https://github.com/kcri-tz/pmlst

虽然依赖不多，但还是建议conda安装

conda create -n pmlst pmlst

稍微需要注意的是，database需要额外下载

# Clone database from git repository (develop branch)git clone https:///genomicepidemiology/pmlst_db.gitcd pmlst_dbpMLST_DB=$(pwd)# Install pMLST database with executable kma_index programpython3 INSTALL.py kma_index

然后就可以happy的使用啦

使用示例命令如下：

pmlst -i [INPUTFILE] -o [Outputdir] -s [SCHEME]   -p Database_dir -x 

输出结果保存在result_tab.txt文件中

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公众号名称：微微悦明

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