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赛尔，你好。 这是生信家书的第十九封。一张车票，换一个城市，有时候是无限欣喜，如高考题名，大学报道。当我们慢慢长大，见过很多城市，这时会发现，大部分的城市大同小异，剩下的只是匆匆。像这四季更迭，习惯了地球公转，春花秋月也了无新意。 当我们保留一颗敏感的心灵，把目光放在鳞次栉比的间隙，走进一个小胡同，还是能够嗅得每个城市不同得味道：南甜北咸，东辣西酸。我们不必去拍北京的故宫、广州的小蛮腰、上海的东方明珠、西安的大雁塔、南京的夫子庙，一下高铁，从铺面而来的气息中感受到不同城市的节奏。  到达不同城市，发现不同风景。想必你也一定有这样的心境，就是呆在名字一样的连锁酒店里，不出门，都能领略不同城市之美。 敏锐地捕获不同的信息，是生物信息学的基本工作之一。在这第十九封信里，就着换场景的感受，聊一聊单细胞多组学应用T2T基因组(telomere-to-telomere genome )的可能性及其场景。 我们知道，单细胞多组学数据分析管线中，高通量下机数据与参考基因组的比对，是至关重要的一步，从这里把测序数据转化为表达矩阵，用于下游分析。与参考基因组的比对，让我们得到每个细胞中每个基因的表达/调控信息。目前默认的单细胞转录组比对参考基因组是：
以GRCh38为例，构建完成是在2013年，距今已经十年了，这十年我们对人类基因组的认识又有着很大的进步，当然在这个过程中，GRCh38不是一成不变的，大部分是修修补补。  人类基因组一个主要的变化发生在2022年，人类完整基因组发布了：T2T(Telomere-to-Telomere )基因组指通过PacBio HiFi、ONT Ultra-long、Hi-C等多种测序技术结合，实现染色体端粒到端粒水平组装的0 gap基因组。这一基因组的发布，不仅是人类基因组的完善，也为更多物种基因的构建提供了生物信息方法与流程。 当然，我们今天主要讨论的还是参考基因组从 在这之前，我们需要了解二者之间的差异。2022年3月31日~4月1日，Science以特刊形式发表了端粒到端粒（T2T）联盟的研究成果，报告了最新的人类参考基因组（T2T-CHM13），包括人类所有22条常染色体和X染色体的无缝组装。该成果完成了人类基因组计划（GRCh38）中8%尚未解决的任务。 在文章  令人好奇的是：人类T2T基因组发布已经2年多了，为什么单细胞多组学的数据还在使用GRCh38，而没有升级到信息更全的T2T呢？ 原因可能是以下几个：
我相信，T2T参考基因组定将用于单细胞多组学分析，原因也有几点。 第一，对单细胞转录组定量差异也许不大，但是对全长转录组或单细胞表观组的定量影响会大一些。以表观组为例，在文章  第二，GRCh38已经用了十年，而T2T的质量之高，下一个十年必然成为主要的参考基因组。 第三，随着单细胞组学维度的增加，如单细胞全长，单细胞三代，单细胞基因组，单细胞表观等技术的开发，完整基因组的必要性日益凸显。 基因组的完善，也将推进单细胞多组学走进新的前沿。 晚安了，有没有冲动一下，用T2T基因组来分析自己的单细胞数据呢？
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