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R语言使用限制平均生存时间RMST比较两条生存曲线分析肝硬化患者

 拓端数据 2024-10-30 发布于浙江

原文链接:http:///?p=23869

在比较性的纵向临床研究中,主要终点往往是发生特定临床事件的时间,如死亡、心衰住院、肿瘤进展等点击文末“阅读原文”获取完整代码数据

1 引言

_风险_比例估计值几乎被常规用于量化治疗差异。然而,当基础模型假设(即比例危害假设)被违反时,这种基于模型的组间总结的临床意义可能相当难以解释,而且很难保证模型的建立在经验上的正确。例如,拟合度检验的非显著性结果并不一定意味着_风险_比例假设是 "正确的"。基于限制性平均生存时间(RMST)的组间总结指标是_风险_比例或其他基于模型的措施的有用替代方法。本文说明了如何使用该包中的函数来比较两组限制平均生存时间。

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2 样本数据

在这个文章中,我们使用了梅奥诊所进行的原发性胆汁性肝硬化(pbc)研究中的部分数据,该研究包括在R语言的生存包中。

生存包中的原始数据由418名患者的数据组成,其中包括参加了随机临床试验的患者和没有参加的患者。在下面的说明中,我们只使用了312个参加了随机试验的病例(158个病例在Dpenicillamine组,154个病例在安慰剂组)。从原始数据文件中选择子集。

> head(D\[,1:3\])

这里,时间是指从登记到死亡或最后已知活着的年数,状态是事件的指标(1:死亡,0:审查),臂膀是治疗分配指标(1:Dpenicillamin,0:安慰剂)。下面是每个实验组的死亡时间的卡普兰-梅尔(KM)估计。 

3 限制平均生存时间(RMST)和限制平均损失时间(RMTL

RMST被定义为生存函数曲线下的面积,直到一个时间τ(< ∞)。

其中S(t)是所关注的时间-事件变量的生存函数。对RMST的解释是:"当我们对患者进行τ的随访时,患者平均会存活μτ",这是对删减的生存数据的相当直接和有临床意义的总结。如果没有删减的观察值,我们可以使用平均生存时间

而不是μτ。对μτ的一个自然估计是

其中Sˆ(t)是S(t)的KM估计。ˆµτ的标准误差也是用分析法计算的;详细的公式在[3]中给出。请注意,即使在重度删减的情况下,μτ也是可以估计的。另一方面,尽管中位生存时间S-1(0.5)也是生存时间分布的一个稳健总结,但由于严重删减或罕见事件,当KM曲线没有达到0.5时,它变得不可估计。

RMTL被定义为截止到某一时间τ的生存函数曲线 "上方 "的面积。

在下图中,粉红色和橙色的区域分别是D-青霉胺组的RMST和RMTL估计值,当τ为10年时。结果显示,在10年的随访中,D-青霉胺组的平均生存时间为7.28年。换句话说,在10年的随访中,接受D-青霉胺治疗的患者平均减少2.72年。

3.1 未经调整的分析及其实施

让μτ(1)和μτ(0)分别表示治疗组1和0的RMST。现在,我们用RMST或RMTL来比较这两条生存曲线。具体来说,我们考虑用以下三种措施来进行组间对比。


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