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GFAviz | 快速可视化基因组Assembly Graph

 生信药丸 2025-04-07 发布于贵州

写在前面

我们距离终点,很近很近,看起来只差最后一点点,或者最后一小步。但这一小步却到不了。我依然记得前几天和朋友说,GPT只能帮我完成最初的99%,还剩下最关键的1%,需要我们自己来解决。这好比99%的汗水,靠坚持,靠努力,靠奋斗就可以达成,而1%的灵感则完全不同,他可能是长时间的知识积累,对事物的观察,甚至偶然的机遇,更或者运气。可遇而不可求。

回到主题,其实我想说的只是,给小朋友做的工作加上一个小功能,没想到那么复杂....

Assembly Graph 的可视化

简单看了下,似乎可视化Assembly Graph几乎只有一个软件可以使用,大体如下

很久以前做过菠萝的叶绿体组装时,简单有用过。整体感觉体验还可以。就是没那么自由,颗粒度不够。不过那个时候我没想明白,直到我自己花了几天时间(叠加清明休假),才勉强实现一个相似度可视化功能。

GFAviz 功能

一些失败的尝试

为了尝试实现这个,做了非常多失败的尝试

写在最后

万万没想到,明明看起来很简单的一个图,我却折腾了一个多星期....

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